一、mRNA差异显示技术及其在动物遗传研究中的应用(论文文献综述)
赵国丽[1](2019)在《基于转录组学鉴定荷斯坦青年母牛繁殖力性状相关基因及机理研究》文中研究说明在过去的20年里中国荷斯坦奶牛在选择强度的加大下,单产水平急剧攀升而繁殖力缓慢下降,与其他奶业发达国家繁殖力发展规律基本一致,高产奶牛在生理和代谢方面都发生了极大变化来适应高产的生产环境,一般在规模奶牛场受精率在90%左右,而产犊率在60%左右,在生产中存在30%左右的胚胎丢失或胎儿死亡,因此,早期隐性流产是影响繁殖力的重要因素,基于上述背景,本研究开展了以下方面的工作:1.荷斯坦青年母牛孕酮分泌范型建立与早期隐性流产研究随机选取100头13月龄-14月龄中国荷斯坦青年奶牛作为研究对象,配种当天计作0天,其后每隔3天尾跟采血1次,直到配种后60天,同时在30天与60天B超妊娠检查时做好每头牛的繁殖记录,每头牛做好标记,采血后立即离心取血浆进行孕酮测定,孕酮测定采用放射免疫法测定,数据分析采用SAS软件单因素方差分析,结果显示了正常妊娠组56头牛孕酮分泌范型:第 3 天为 1.255ng/mL±0.554 ng/mL,第 6 天 2.973 ng/mL±1.241 ng/mL,第9天4.237ng/mL±1.590ng/mL,第3天到第9天孕酮水平急剧升高,第21天5.957 ng/mL±2.524 ng/mL,大于2ng/mL,随后孕酮水平保持在6ng/mL,符合早期胚胎发育所需的组织营养特别是孕酮的需求变化,根据孕酮分泌范型结合母牛个体孕酮曲线急剧下降节点判定早期隐性流产组牛17头:第18天3头,第21天3头,第33天3头,第39天3头;第45天2头,第51天3头;60天受胎率为70%,早期隐性流产率17%。2.荷斯坦青年母牛早期隐性流产转录组测序与候选基因筛选选取青年荷斯坦母牛早期隐性流产组第18天、第21天、第33天、第39天和第51天各3头,相对应天数正常发育组各3头为对照,采用RNA-Seq技术对其进行转录组测序研究,结果显示:第18天发现32个差异表达基因,其中15个基因上调,17个基因下调;第21天发现175个差异表达基因,102个上调,74个下调;第33天发现5个差异表达基因,1个基因上调,4个下调;第39天发现10个差异表达基因,2个上调,8个下调:第51天发现2个上调基因,0个下调基因。根据生物信息学相关分析共筛选出6个早期隐性流产相关候选基因:p38、Fas、CDH2、VCAM1、MMP14、EEF1A1。3.荷斯坦青年母牛繁殖力生物信息学分析通过生物信息学研究发现:p38和Fas可能调控了黄体细胞凋亡;CDH2基因表达产物作为钙离子依赖的细胞粘附素家族一员,可能在调节胚胎神经管的形成起到重要作用,基因的下调导致早期胚胎死亡;VCAM1基因表达的糖蛋白分子,可能介导了早期胚胎与子宫内膜的粘附作用;MMP14基因表达一种锌依赖型蛋白水解酶,在早期胚胎侵润子宫内膜起到关键作用,EEF1A1是真核生物翻译延长因子三者共同作用完成早期胚胎的附植准备工作。
卢立志[2](2011)在《鸭卵泡发育差异表达基因抑制性消减文库的构建及分析》文中进行了进一步梳理禽类的产蛋率,除了其他方面外,取决于等级前卵泡能被有效地募集进入等级卵泡,即通过卵泡的生长和闭锁建立卵泡等级。随着日龄的老化产蛋率的下降归因于卵泡闭锁的增加以及可供选择进入最后生长阶段(最大等级卵泡/排卵前卵泡)的小/生长卵泡数量减少。对人和哺乳动物巢卵泡发育研究表明,卵泡的生长和分化是多因素调控的复杂的生理生化过程,不仅受生殖轴内分泌激素的调控,而且卵巢中许多局部的生长、分化因子也以自分泌或旁分泌等形式发挥重要作用。目前,对于禽类卵泡发育的研究,虽然已经知道一些基因在不同发育阶段的卵泡中差异表达,但是对于复杂生命体而言,仅仅是其中很小部分,仍然没有合理假说来说明禽类卵泡等级的建立机制。通过筛选鸭卵泡差异表达的基因,比较不同发育阶段卵泡的差异表达基因,可以对这些差异基因在卵泡发育和分化过程中所发挥的作用有更深入的了解。揭示卵泡在不同生理状况下差异基因的表达情况,为进一步研究禽类性成熟、产蛋的启动、产蛋的维持和高产性能的分子生物学机制提供重要资料,并为最终揭示禽类卵泡发育和等级建立的分子机制,从而在基因水平上进行遗传操作,延长产蛋高峰期,提高鸭的产蛋率提供理论依据。本实验以产蛋高峰期绍兴鸭母鸭不同阶段的卵泡为实验材料,采用DSN酶介导的均一化消减杂交方法构建鸭卵泡差异表达基因的消减cDNA文库,以期找到与鸭卵泡发育相关的基因,探索卵泡等级建立与分化的基因表达调控的分子机制。本实验构建了两个鸭卵泡差异表达基因的双向消减文库:以最大等级卵泡和等级前卵泡这两个不同发育阶段的卵泡为实验材料进行消减杂交。其中,以最大等级卵泡为Tester,等级前卵泡为Driver,建立的为正向消减文库;以等级前卵泡为Tester最大等级卵泡为Driver建立的为反向消减文库。实验过程中,总RNA与反转录成的cDNA质量较好,消减产物得到很好的富集。正向消减文库中获得了88条独立的差异表达的基因,BLAST比对结果显示,其中60条具有同源基因,28条相似度极低或无同源性的基因。筛选出与卵泡发育相关基因LHR和EGFR,与细胞增殖和分化有关的基因SLC家族等,影响胚胎发育的NADH1α脱氢酶同源基因NADH1β几个编码激酶或其同源基因如PRKG2、 AKAP2、similar to protein kinase D1。此外,筛选到我们还分离了一些未知功能的基因。反向消减文库中获得了72条独立的差异表达的基因,BLAST比对结果显示,其中51条具有同源基因,21条无相似或者同源性极低的基因。筛选出的基因有RBMII,拼接因子SF2亚单位p32和U2AF35kDa subunit-like, tensin基因,真核生物翻译起始基因EIF3I,微管组分基因α-tubu1in,肠平滑肌肌动蛋白gamma2,含靶蛋白同源基因similar to palladin,免疫反应相关基因CD58,编码微小染色体维持蛋白的基因MCM5, RCC2,参与细胞侵袭和转移的基因Flotillin-2,酶类(包括激酶)及其同源基因AFG3ATPase f ami ly gene3-like2、AK3L2、TAOK3等基因。另外,我们还分离了一些未知功能的新基因。以最大等级卵泡和最小等级卵泡这两个不同发育阶段的卵泡为实验材料进行消减杂交。其中,以最大等级卵泡为Tester,最小等级卵泡为Driver,建立的为正向消减文库;以最小等级卵泡为Tester,最大等级卵泡为Driver建立的为反向消减文库。实验过程中,总RNA与反转录成的cDNA质量较好,消减产物得到很好的富集,正向消减文库中获得了79条独立的差异表达基因,BLAST比对结果显示,其中67条具有同源基因,12条无相似基因或者同源性极低的基因;筛选出与卵泡发育相关基因EGFR,与排卵有关的基因ADAMTS-1影响脑神经系统和胚胎发育的编码钙/钙调蛋白依赖性丝氨酸蛋白激酶基因、免疫相关基因lymphocyte antigen86-like和IL17RA,参与细胞调亡的基因death domain-containing tumor necrosis factor receptor superfamily member23,骨成形蛋白2基因。分离了一些编码通道或转运有关蛋白的基因及其同源基因sodium/myo-inositol cotransporter-like、calcium/calmodulin-dependent serine protein kinase、 SLC9A8、potassium inwardly-rectifying channel, subfamily J, member2、 SLC2A1、PCTP等。除上述基因外,还筛选到RNF14、TTC17、PHF21A、PLEKHB2、 ADD3、RGS12、SVEP1、HDAC4、STOM、SMARCE1、SETD4、CEBPG、STRADA、ZC3H14、 RHOBTB1、ALDH1A2、EXOC2和GAPVD等基因。反向消减文库中获得了37条独立的差异表达的基因,比对结果显示,其中29条具有同源基因,8条无相似或相似度极低的基因。反向文库中筛选出的基因主要包括RBMII、微管组分基因α-tubulin lc、 CD58、真核生物翻译起始基因EIF3I以及编码微小染色体维持蛋白的MCM5基因。
王忠[3](2009)在《黄萎病菌侵染过程中野生茄子托鲁巴姆的响应机制及病程相关基因的分离与表达分析》文中认为茄子黄萎病(Verticillium Wilt)俗称半边疯、黑心病,是由大丽轮枝菌(Verticillium dahliae Kleb)侵染引起的茄子重要病害之一,常常造成大幅度的减产。在已有相关经济作物抗病的理论研究和生产实践中,选育和种植抗病品种是控制病害最为经济有效的措施。但是目前茄子抗黄萎病的育种尚无突破性进展,究其原因,除了栽培品种中缺乏抗病材料外,还与茄子黄萎病的基础性研究不够深入有关。开展茄子抗黄萎病机制及其抗黄萎病相关基因的克隆研究,不仅能够为茄子抗黄萎病育种提供理论依据,而且可能为抗病育种提供抗病基因,具有十分重要的研究价值。本研究以野生茄子托鲁巴姆(Solanum torvum)和苏崎茄为主要材料,通过比较两种茄子在大丽轮枝菌(Verticillium dahliae Kleb)侵染过程中体内的生理生化指标变化,分析托鲁巴姆对黄萎病的防卫响应机制;同时运用cDNA-AFLP技术构建分析托鲁巴姆感染黄萎病前后的差异基因表达谱;并进一步结合RT-PCR和RACE技术,分离抗黄萎病相关的三个全长基因,对其进行诱导表达分析。研究结果如下:1.托鲁巴姆对黄萎病菌胁迫的响应机制。采用黄萎病菌侵染方法对托鲁巴姆的抗性进行了分析,发现:托鲁巴姆植株表现出很强的自我防御和自我修复能力。对托鲁巴姆体内一些相关的生理指标分析结果表明,(1)在侵染前,托鲁巴姆体内存在的活性氧清除系统,如:SOD、POD、CAT等酶的活性均高于苏崎茄;而侵染后,托鲁巴姆体内各种酶的活性快速增加,其幅度高于苏崎茄;MDA的变化却恰恰相反。这个结果提示,托鲁巴姆具有较高活性氧清除基础能力,而黄萎病菌胁迫进一步增强了托鲁巴姆体内活性氧清除系统,加快了某些防御物质(如木质素和抗菌物质绿原酸等)的形成,同时减缓或降低MDA等有害物质在植株体内的积累,最终把病菌侵染造成的危害降到最低。(2)侵染后各生理指标的响应时间表现出差异。托鲁巴姆中POD、PAL的活性和可溶性蛋白含量在侵染后的12 h内就迅速作出响应(POD增加、PAL和可溶性蛋白减少);而SOD、PPO、CAT的活性和MDA的含量则在处理后初始阶段(至少12 h)进行了一些调整,随后才进入持续性的增加或减少阶段。由此可见,托鲁巴姆对黄萎病病菌侵染的响应具有时序性,其体内POD酶、PAL酶和可溶性蛋白首先参与植物的防卫反应来应对黄萎病的胁迫,其它酶随后参与响应,它们的共同作用形成对黄萎病菌的有效防卫。2.黄萎病菌胁迫下托鲁巴姆植株根部的基因差异表达谱分析。(1)利用cDNA-AFLP技术分析黄萎病菌侵染前后S. torvum根部的基因差异表达,获得118条TDFs (transcript-derived fragments)。根据基因的表达特征,可将其分为4种类型:诱导表达、抑制表达、上调表达、以及瞬时表达。(2)在118条TDFs中,共有50条TDFs与已知功能基因同源。根据功能推测分为7类:①与代谢相关的;②与细胞自救和防御相关的;③与细胞周期和DNA加工相关的;④与细胞组分的生物学合成相关的;⑤与蛋白质合成相关的;⑥与结合功能蛋白有关的;⑦与转运相关的。这些结果表明,托鲁巴姆对黄萎病的防卫反应是一个多方面、多层次的复杂的生物学过程。3. Stcyp450、Strpll6和StDAHP基因的克隆。采用同源序列克隆和RACE的方法从托鲁巴姆中克隆了Stcyp450、Strpll6和StDAHP基因:(1) Stcyp450 cDNA序列含有一个1536bp的开放阅读框,编码一个511个氨基酸残基构成的蛋白质分子,分子量为58.08 kD,等电点为9.17。采用DNAMAN对Stcyp450和其他同源蛋白的氨基酸序列比对,结果表明:Stcyp450氨基酸序列与拟南芥、大豆等四个CYP蛋白的氨基酸序列有较高的一致性;表达分析显示:Stcyp450受黄萎病病菌的诱导上调表达,侵染后期恢复。(2) Strpll6 cDNA序列含有一个498 bp的开放阅读框,编码一个由165个氨基酸残基组成的蛋白,其分子量为42.16kDa,等电点为5.2。DNAMAN软件对Strpl16编码的蛋白和其他四个RPL16进行氨基酸序列比对,结果表明:Strpl16和来自野生马铃薯、番茄、莳萝、辣椒的同源蛋白在氨基酸水平有较高的一致性,在蛋白的第91氨基酸位点出有一个保守的核糖体蛋白L16的标志性特征域Ⅱ;进化分析表明:Strpl16与野生马铃薯、番茄、和辣椒三种茄科植物的对应同源蛋白的亲缘关系更近。半定量RT-PCR分析结果显示:Strpl16属于组成型表达,表达量随病菌侵染时间延长有所增加。(3) StDAHP cDNA含有一个1683 bp的开放阅读框,编码一个由560个氨基酸残基组成的蛋白,该蛋白分子量为62.53 kD,等电点为9.1。DNAMAN软件对StDAHP和其他同源蛋白的氨基酸序列比对,结果表明:该蛋白与来自马铃薯、番茄、烟草和水稻四种植物的同源蛋白在氨基酸水平有较高的一致性;且在靠近N-末端和C-末端的氨基酸都比较保守;采用半定量RT-PCR方法对StDAHP mRNA水平分析结果显示:StDAHP属于诱导表达,病菌侵染后期持续表达。
李开桢[4](2009)在《利用mRNA差异显示技术对苏淮白猪肌内脂肪沉积相关调控基因的分析》文中指出肉质性状,尤其是肌内脂含量的改良是近阶段猪育种工作的主要目标之一。不同猪种尤其是中国地方猪种与外国引进猪种在肉质性状和肌内脂含量上表现着极大的差异。本研究通过差异显示逆转录聚合酶链式反应(DDRT-PCR)的方法鉴定在肌内脂肪含量差异极显着的个体间背最长肌差异表达的基因,旨在寻找参与肌内脂肪沉积调控的相关基因,并为猪的肌内脂肪性状选育提供理论依据和技术支持。从20头180日龄苏淮白猪中分别选取肌内脂肪含量最高和最低各5个个体组成两组,其平均肌内脂肪含量分别为H组(3.251%±0.327%)和L组(1.469%±0.119%),组间差异极显着(p<0.01)。采用3条锚定引物,15条随机引物组合进行DDRT-PCR,获得差异表达条带并测序,通过NCBI比对发现其中3条差异序列与已知基因高度同源。分别命名为clonel(233bp),clone2(518 bp),clone3(562bp)。其中clonel与分选连接蛋白SNX17高度同源,同源性为99%,登录号为NM014748;clone2与人类剪切因子精氨酸-丝氨酸富集蛋白SFRS18有高度同源性,同源性为97%,登录号为NM015491;clone3与人的肌凝蛋白重链MYH4有高度同源性,同源性别为89%,登录号为NM017533。通过RT-PCR相对定量验证H组、L组上述三个基因是否假阳性。SNX17基因与SFRS18基因均验证了DDRT-PCR非假阳性,SNX17基因在高肌内脂含量组中的表达强于低含量组,SFRS18与此相反。而MYH4基因具有假阳性,在高低含量中的表达没有显着差异。
康波[5](2009)在《籽鹅卵巢组织基因差异表达及产蛋相关基因定量的研究》文中指出鹅产蛋性能较低是制约我国鹅产业发展的重要因素之一,鹅产蛋性能的改善和提高一直以来都是鹅遗传育种工作的重点。卵巢是雌性鹅的重要生殖器官,鹅产蛋前后卵巢组织中某些基因是否表达(或者表达量的差异)均可能影响鹅的产蛋性能。分子生物学技术的发展为提高鹅产蛋性能的研究提供了新的途径。抑制性消减杂交技术对于基因组信息较少的鹅来说,无疑是一种较好的筛选差异表达基因的技术。目前,已有报道应用抑制性消减杂交技术成功地筛选获得了产蛋前期和产蛋期鹅腺垂体、肝脏组织的差异表达基因。因此,本研究以黑龙江省籽鹅卵巢组织作为研究对象,利用抑制消减杂交技术构建产蛋前期和产蛋期籽鹅卵巢组织消减cDNA文库,采用反向斑点杂交技术对该文库进行了差异表达基因的筛选和鉴定,同时利用实时定量PCR技术检测了部分差异表达基因在产蛋前期和产蛋期卵巢组织中表达量的变化,另外,还对与生殖相关的激素受体ESR1、ESR2、FSHR和PRLR进行了表达模式的研究。从而获得了产蛋前期与产蛋期籽鹅卵巢组织基因表达变化的信息,为从分子水平上探讨鹅产蛋分子调控机理的研究以及今后采用遗传手段改良和选育高产蛋性能籽鹅的研究奠定基础。
李开桢,曲亮,黄瑞华,石放雄,邱新深,周波,刘红林,王林云[6](2008)在《mRNA差异显示技术的优化及其在苏淮猪育种中的应用》文中研究说明运用mRNA差异显示技术可以了解不同组织细胞或同类组织细胞在不同发育阶段、不同生理状态下的基因表达状况,为研究生命活动过程提供重要信息。本文对差异显示技术的基本原理、优缺点以及近年来此方法的改进进行了论述和评价,对其方法提出了优化方案,并初步就初步报道了其在苏淮猪的分子标记辅助选育实践中的应用效果。
贾晋[7](2008)在《大白菜和萝卜败蕾相关基因的差异表达及克隆研究》文中研究说明大白菜和萝卜败蕾是育种实践中普遍存在的一种不利的生物现象,阐明其分子生物学机理具有重要的理论意义和实践价值。本研究采用mRNA差异显示技术研究了萝卜败蕾与正常花蕾基因的表达差异,结合电子克隆技术进行了cDNA全长克隆;采用cDNA-AFLP技术研究了大白菜败蕾连续取样材料的基因表达差异。取得的主要研究结果如下:1.以萝卜幼嫩薹叶及花蕾为材料,比较了酸性酚-异硫氰酸胍-氯仿提取法与BIOZOL试剂法提取RNA的效果,并对DDRT-PCR体系中Taq酶、Mg2+、dNTPs、引物及cDNA的用量进行了优化,获得了适合于萝卜的RNA提取方法和最佳DDRT-PCR体系。2.提取了萝卜雄性不育系败蕾和正常花蕾的RNA,用3条锚定引物T14A、T14G、T14C和26条随机引物B0301-B0326组成的78个引物组合对萝卜败蕾材料进行了DDRT-PCR分析,得到了如下结果:(1)获得了107个差异表达片段,其中13个为败蕾表达量下降的片段,94个为败蕾表达量上升的片段;(2)回收、克隆、测序获得有效EST序列89个。采用NCBI的BLAST序列检索表明,BLASTx分值大于80的ESTs 16条,其中7条为与能量代谢相关,5条为与新陈代谢相关蛋白,1条与人类蛋白相关,3条功能未知;BLASTn分析表明,有15条为无同源性的ESTs,是新发现的萝卜表达序列片段,已将它们登录到GenBank,分别是: EST36-1:登录号FG124881 dbESTId:56786563; EST28-3:登录号FG124882 dbESTId:56786564; EST39-1:登录号FG124883 dbESTId:56786565; EST59-1:登录号FG124884 dbESTId:56786566; EST61-1:登录号FG124885 dbESTId:56786567; EST45-2:登录号FG124886 dbESTId:56786568; EST23-1:登录号FG124887 dbESTId:56786569; EST71-1:登录号FG124888 dbESTId:56786570; EST64-1:登录号FG124889 dbESTId:56786571; EST100-1:登录号FG124890 dbESTId:56786572; EST56-1:登录号FG124891 dbESTId:56786573; EST87-1:登录号FG124892 dbESTId:56786574; EST38-2:登录号FG124893 dbESTId:56786575;EST17-1:登录号FG124894 dbESTId:56786576; EST97-1:登录号FG124895 dbESTId:56786577; 3.BLASTx检索发现,7个与能量相关的蛋白同源序列全部来自叶绿体;4个与新陈代谢相关的蛋白同源序列中,3个为叶绿体成熟酶K,一个是甲基转移酶。其中叶绿体Mat K在不同的引物组合中3次扩增出现。4.BLASTn检索发现,萝卜败蕾中28个差异表达ESTs与已知功能的ESTs有同源性,其中与植物逆境胁迫、衰老相关的分别为11条和7条。同时发现败蕾DNA表现有规则的Ladder,而正常花蕾只有单一DNA带。说明萝卜败蕾可能存在着与植物抵抗逆境胁迫和衰老相似的细胞程序化死亡机制。5.获得了萝卜RNA解螺旋酶基因和光系统I的Ycf4蛋白部分基因。对EST14-2和EST35-1电子克隆后,RT-PCR获得了大小分别为941bp和976bp的cDNA,分别编码307个氨基酸和141个氨基酸,氨基酸序列同源性分析表明,cDNA片段EST14-2与拟南芥(Arabidopsis thaliana)的RNA解螺旋酶高度同源,同源性达到96%;cDNA片段EST35-1与陆地棉(Gossypium hirsutum)、葶苈(Draba nemorosa)、香雪球(Lobularia maritima)、毛南芥(Arabis hirsuta)等植物光系统I的ycf4蛋白高度同源,同源性分别为89%、96%、97%和95%。6.采用A4-A19和T4-T19组合的256对引物对大白菜败蕾基因表达进行cDNA-AFLP分析,共得到192个差异表达片段,大小分布在100-1 000bp之间,根据“败蕾→正常花蕾”表达情况可以分为:“强→弱”56条(占29.2%)、“弱→强”33条(占17.2%)、“有→无”52条(占27.1%)和“无→有”51条(占26.5%)4种类型。选取88个差异明显的片段回收、克隆、测序和同源性比较分析。得到72条ESTs,其中62条ESTs Blastx比对分值大于80,将它们分为7类:(1)能量和新陈代谢相关的ESTs 30条,约占48.4%,(2)膜和运输相关的ESTs 9条,约占14.5%,(3)转录和翻译相关的ESTs 15条,约占24.2%,(4)氨基酸合成和加工相关的ESTs 3条,约占4.8%,(5)信号传导相关的EST 1条,约占1.65%,(6)防御相关的EST 1条,约占1.65%,(7)分类不确定的ESTs 3条,约占4.8%。7.对大白菜败蕾的EST54-1进行了电子克隆,并通过RT-PCR验证,获得了1个大白菜新基因—大白菜苹果酸脱氢酶基因。
任竹青[8](2007)在《大白×梅山猪杂交组合亲子代间脂肪组织差异表达基因的分离和功能初步研究》文中提出近年来的研究表明,脂肪组织除对组织器官起保护作用、保持体温、保护内脏器官以及缓冲机械压力等作用外,它还具有重要的内分泌功能,主动参与能量代谢的平衡。长期以来,中外猪种由于遗传背景、长期所处的地理环境以及所接受的饲养方式和选育方式等的不同,从而形成了各自的种质特性,使其在脂肪相关性状方面存在很大的差异。而中外猪种杂交产生的杂种往往在脂肪相关性状等方面表现优于双亲的特点,产生杂种优势。这些差异以及杂种优势现象的产生应该与基因差异表达有关。因此,本研究以猪背膘组织为试验材料,利用mRNA差异显示技术分离大白×梅山猪正反向杂交组合亲子代间差异表达基因,并对这些基因的功能做了研究,取得了如下结果:1.利用mRNA差异显示技术分别对120日龄和180日龄大白猪×梅山猪杂交组合亲子代间基因表达情况进行了分析,发现杂种与亲本之间存在8类基因表达模式:P1,表达一致型;P2,单亲一致型;P3,正交或反交单亲一致型;P4,杂种特异型;P5,正交或反交特异型;P6,正交或反交沉默型;P7,双亲特异表达型;P8,单亲沉默型。试验中共检测了140对引物组合(7条锚定引物和20条随机引物)的差异显示结果,观察了近3000条EST条带,其中近2000条可在重复PCR中出现。此外,对120日龄和180日龄杂种与亲本间基因表达模式进行了比较,结果表明杂种与亲本间基因表达模式在不同的时期是变化的。2.共获得60条差异显示EST,其中120日龄组39条,180日龄组21条。通过BLAST比对发现,大部分EST与GenBank数据库中已知序列无同源性,采用半定量RT-PCR方法对这些EST进行验证,结果表明大部分表现差异,也有相当一部分为假阳性,将部分EST提交GenBank,获得登陆号CV507051-CV507087。3.结合电脑克隆和RACE技术,成功克隆了7个差异表达基因全长:(1)ACL,cDNA全长4378bp,编码1076个氨基酸;(2)SMPX,cDNA全长863bp,编码86个氨基酸;(3)ANGPTL4,cDNA全长1847bp,编码412个氨基酸;(4)IDH1,cDNA全长2264bp,编码402氨基酸;(5)IDH3β,共3个转录本,IDH3β1cDNA全长1247bp,编码383个氨基酸;IDH3β2 cDNA全长1540bp,编码385个氨基酸;IDH3β3 cDNA全长1445bp,编码385个氨基酸;(6)IDH3γ,cDNA全长1346bp,编码392个氨基酸;(7)RPL28,cDNA全长513bp,编码137个氨基酸。4.利用DNAStar、CLUSTALW等软件对猪ACL、SMPX、ANGPTL4、IDH1、IDH3β、IDH3γ和RPL28基因结构、所编码蛋白质结构和功能等特征进行了预测和分析,并构建了分子系统进化树。5.采用Real-time PCR技术对这7个差异表达基因在大白猪×梅山猪杂交组合亲子代间基因表达情况进行了进一步的鉴定,结果表明与半定量RT-PCR的检测结果相比,差异表达的趋势是一致的,其中ACL、IDH3β以及RPL28基因在杂种大梅和梅大猪中增强表达;SMPX、ANGPTL4、IDH1以及IDH3γ基因普遍在大白猪中高表达,其中SMPX基因在杂种梅大猪中几乎不表达,IDH1基因在杂种大梅猪中表达量最低。并对这些基因在不同组织(心、肝、脾、肺、肾、胃、小肠、子宫、卵巢、背膘以及眼肌)的表达情况做了分析,结果显示它们在大多数组织中表达,且表现不同的表达特征。6.克隆了ANGPTL4、IDH1、IDH3β以及IDH3γ基因的全部内含子和其它基因的部分内含子序列,并分析了这4个基因的基因组结构以及序列在不同猪群中的多态性:(1)ANGPTL4基因包含7个外显子和6个内含子,仅发现2处发生突变,一处为第三内含子2737位G→A的转换突变,另一处为第六外显子203位C→T的转换突变;(2)IDH1基因包含10个外显子和9个内含子,共发现9处发生突变,分别为第二外显子1处(T1112C),第六内含子5处(G13194T、C13228T、C13336T、C13422T和A13477G),第十外显子3处(T20531A、G20543A和第20534bp处C插入突变);(3)利用猪IDH3β1或IDH3β2 cDNA序列对比发现,该基因的内含子和外显子组成与预测的一致,即12个外显子和11个内含子;利用猪IDH3β3 cDNA序列与之对比,发现该基因包含13个外显子和12个内含子,前11个外显子和前10个内含子的组成和大小完全一致,共发现8处发生突变,分别为第一内含子1处(G63A),第二外显子1处(G187C),第二内含子2处(G287C和C336T),第六外显子1处(G2732A),第十一内含子2处,分别为A4277G和第4413bp处25个碱基的小卫星序列;(4)IDH3γ基因包含10个外显子和9个内含子,发现第二内含子存在一段微卫星序列(重复单位为“GT”)。7.对ACL、ANGPTL4、IDH3β以及IDH3γ基因共6个多态性位点在不同猪群中进行了基因分型,结果表明这些位点在这些猪群中具有丰富的多态性,并在2000年和2003年大白×梅山猪F2代资源家系中与重要生产性状进行了关联分析,结果表明:(1)猪ACL基因第24内含子插入突变所形成的不同基因型在瘦肉率、肥肉率、花油重、6-7胸椎间背膘厚、背最长肌pH、骨二头肌pH以及失水率性状存在显着(P<0.05)或极显着差异(P<0.01);(2)猪ACL XhoI-RFLP基因型不同时,皮率、骨率、屠宰率、板油重、花油重、背最长肌pH、骨二头肌pH、头半棘肌pH以及系水率性状存在显着(P<0.05)或极显着差异(P<0.01);(3)猪ANGPTL4基因第3内含子PCR-SSCP不同基因型在眼肌面积、肌内水分、肌内脂肪以及背最长肌大理石纹评分性状存在显着差异(P<0.05);(4)猪IDH3β基因小卫星不同基因型在骨率、眼肌面积、肌内水分、肌内脂肪以及头半棘肌pH值性状存在显着(P<0.05)或极显着(P<0.01)差异;(5)猪IDH3β基因5’侧翼区插入突变所形成的不同基因型在板油重、眼肌面积、骨二头肌pH值、肌内脂肪和肌内水分性状存在显着差异(P<0.05);(6)猪IDH3γ基因微卫星的不同基因型在屠宰率、肋骨数、平均皮厚以及肌内水分性状存在显着(P<0.05)或极显着差异(P<0.01)。8.采用TAIL-PCR技术分别扩增了ACL基因936bp和IDH3β基因2447bp的5’侧翼序列,序列分析发现,猪ACL基因的5’侧翼序列富含G+C,高达61.75%,未发现“TATA”盒;猪IDH3β基因的5’侧翼序列同样缺失“TATA”盒,也未发现“CAAT”盒,不同的是其A+T含量相对较高,达55.8%。9.采用5’端缺失策略,结合启动子预测结果,分别构建了8个ACL基因和19个IDH3β基因启动子区重组子,将其转染猪PK15细胞系,并利用荧光素酶双报告基因系统检测了它们的活性,结果表明:在所构建的猪ACL基因5侧翼序列的8个重组子中,除pGL-ACL27和pGL-ACL15外,其它重组子的荧光素酶活性与阴性对照均达到极显着水平(P<0.01),表明它们均具有启动子活性,pGL-ACL919活性最强,到pGL-ACL679活性下降了将近3倍,说明从-919bp到-679bp区域可能存在负的调控位点,从pGL-ACL621到pGL-ACL73活性有小幅度下降,到pGL-ACL27活性降到与阴性对照水平无显着差异,表明维持该启动子的基本活性区域位于-73bp到+77bp之间;IDH3β基因启动子活性开始于pGL-IB82,然后虽然有些波动,但是活性一直下降直到-164bp处,之后活性又开始升高,直到-279bp处活性达到最高,这些表明维持该启动子的基本活性区域位于-82bp到+16bp之间,从-82到-279之间的179bp区域具有最高的启动子活性。此外,我们还检测了IDH3β基因5’侧翼区插入突变对启动子活性的影响,结果显示携带该插入突变的启动子具有更高的启动子活性。
范玉顶[9](2007)在《鳗弧菌感染相关的牙鲆差异表达基因的克隆与分析》文中研究表明本研究以我国重要海水经济养殖鱼类牙鲆(Paralichthys olivaceus)为实验材料,利用mRNA差异显示技术(mRNA differential display,DD)研究了鳗弧菌感染前后差异基因的表达,通过RACE(Rapid amplification of cDNA ends,RACE)技术克隆得到了两个差异片段的全长cDNA,利用生物软件对基因的生物信息学进行了预测分析,并借助于半定量RT-PCR技术对基因的时空表达进行了较为详细的研究,现将主要的研究结果分述如下:1. DD-PCR分离鳗弧菌感染前后差异表达的牙鲆cDNA采用DD-PCR对鳗弧菌感染前后差异基因的表达进行了研究,共得到20个感染前后在牙鲆肝脏、肾脏和脾脏中差异表达的cDNA片段。通过对差异片段的回收、再扩增、克隆、测序、序列比对以及验证分析后,最终得到9个阳性片段,其中两个片段与已知基因高度同源:一个与牙鲆C3补体(Complement component 3)同源;另一个与牙鲆TEGT(testis-enhanced gene transcript)基因同源。其余7个为新的cDNA片段。半定量RT-PCR结果表明,在检测的7种组织中,C3补体只在对照组的肝脏中微量表达,注射鳗弧菌6h后在小肠中开始了表达,而且随着时间的延长,在肝脏和小肠中的表达量呈逐渐增加的趋势,推测C3补体在牙鲆鳗弧菌中起着重要的免疫调节作用。组织表达分析表明,TEGT基因在所检测的对照组7个组织中均为组成型表达,鳗弧菌感染后的6h,在各个组织中的表达量均增加,其中脾脏增加的最明显,是对照组的2倍,此后TEGT基因在脾脏中的表达随时间延长而呈下降的趋势;注射后的24h时,TEGT基因在肝脏和肾脏中的表达量达到最大,此后也随时间延长而呈下降的趋势。这说明TEGT基因存在组成型和诱导型两种表达机制,在防御病原菌的侵染过程中可能发挥着重要的作用。2.牙鲆IL-1RII基因全长cDNA的克隆及分析通过DD-PCR和RACE技术克隆得到了牙鲆白介素1受体类型II(IL-1RII)基因的全长cDNA。序列全长1793bp,包括一个100bp的5’末端非翻译区(Untranslated region,UTR)、430bp的3’UTR和长度为1263bp的开放阅读框(Open Reading Frame,ORF)。其中在3’UTR区还发现了3个重复的AU (ATTTA)序列。其ORF编码的蛋白含有420个氨基酸,其中含有一个16个氨基组成的信号肽,该蛋白预测的分子量为46.65KD,等电点为7.19。生物软件分析表明,该蛋白具有IL-R家族的典型结构特征:含有两个Ig样的结构和一个跨膜区;二级结构分析表明它属于混合型蛋白,空间结构和人IL-1RI晶体结构模型非常相似。通过和真鲷等鱼类以及鼠、人等哺乳动物IL-1RII基因的序列比对,发现了3个脯氨酸残基的保守位点(第155、263、268位);同源性分析表明该序列和真鲷、虹鳟的相似性比较高,分别为60.0%和47.4%,在构建的系统进化树中首先聚在了一起,然后再和小鼠、猴、人等哺乳动物聚集在一起。半定量RT-PCR检测表明,IL-1RII在正常牙鲆的大多数组织中均表达,注射鳗弧菌6小时后在肾脏和脾脏的表达量显着增加,分别是对照组的1.9倍和2.0倍。初步分析表明它具有信号转导功能,在防御细菌侵染的过程中发挥重要的免疫调节作用。3.牙鲆TM4SF4基因全长cDNA的克隆及分析借助于DD-PCR和RACE克隆得到了牙鲆四跨膜超家族成员4(TM4SF4)基因的全长cDNA。该cDNA全长1257bp,其中5’UTR为174bp,3’UTR为489bp,ORF为594bp,可编码197个氨基酸,蛋白质预测的分子量约为20.58KD,等电点为4.48。它具有四个疏水性跨膜区和三个保守的CCG(Cys-Cys-Gly)骨架等TM4家族的典型特征结构,同时还发现一段27个氨基酸组成的序列(53GSGVLMIFPALVFL GLKNNDCCGCCGN79)在所比较的9个物种中高度保守。同源性分析表明该基因的蛋白序列与鱼类以及哺乳动物类具有高度的相似性,与河豚的同源性最高为80.2%,与斑马鱼、爪蟾、鼠、猴、人、狗、牛的同源性分别为:68.5%、64.5%、68.0%、65.5%,66.5%、66.5%、66.5%。组织表达分析表明,牙鲆TM4SF4基因在对照组的脾脏和肾脏中都只有极其微弱的表达,但鳗弧菌感染以后的6h在脾脏中的表达量急剧增加,达到对照组的5.2倍,注射后的24h在肾脏中的表达量也急剧增加,是对照组的4.2倍;同时基因在肝脏中的表达呈现出随注射后时间的延长表达量逐渐增加的趋势,所以该基因表现出了明显的诱导型表达的特点,它可能也在牙鲆抵抗病原菌侵染的过程中发挥重要的免疫调节作用。
王运宏,孙延鸣,薄新文[10](2007)在《mRNA差异显示技术及其在寄生虫学研究中的应用》文中指出mRNA差异显示技术是在基因转录水平上研究差异表达和性状差异的有效方法之一。该技术以其简便、灵敏和RNA用量少,且可同时比较多组样品等优点成为目前该领域中最受青睐的技术之一。但是,该技术也存在假阳性率高、所得差异片段较短等诸多不足。针对这些缺陷,人们在引物的设计、PCR循环参数的优化、阳性克隆的鉴定等方面进行了改进。文章就该技术的原理、优越性、主要缺点、技术改进及其在寄生虫学研究中的应用方面进行了综述。
二、mRNA差异显示技术及其在动物遗传研究中的应用(论文开题报告)
(1)论文研究背景及目的
此处内容要求:
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景,再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题,并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例:
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
(2)本文研究方法
调查法:该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法:用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法:通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法:通过调查文献来获得资料,从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法:依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法:对研究对象进行“质”的方面的研究,这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法:通过具体的数字,使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法:运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法:这是社会科学用来分析社会现象的一种方法,从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法:通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、mRNA差异显示技术及其在动物遗传研究中的应用(论文提纲范文)
(1)基于转录组学鉴定荷斯坦青年母牛繁殖力性状相关基因及机理研究(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
前言 |
第一章 文献综述 |
1.1 荷斯坦牛繁殖力研究进展 |
1.1.1影响荷斯坦牛繁殖力的相关因素 |
1.1.2 影响荷斯坦牛繁殖力的遗传因素 |
1.2 荷斯坦牛早期隐性流产机理 |
1.2.1 荷斯坦牛早期胚胎发育过程 |
1.2.2 影响早期隐性流产的因素 |
1.3 荷斯坦牛繁殖力性状分子育种研究进展 |
1.4 差异基因研究方法 |
1.4.1 mRNA差别显示技术 |
1.4.2 抑制性消减杂交技术 |
1.4.3 代表性差异分析 |
1.4.4 基因表达系列分析 |
1.4.5 转录组测序技术 |
1.5 本研究的内容、目的意义 |
第二章 荷斯坦青年母牛孕酮分泌范型建立 |
2.1 材料与方法 |
2.1.1 试验材料 |
2.1.2 主要仪器设备及试剂 |
2.1.3 试验方法 |
2.1.4 荷斯坦青年母牛孕酮分泌范型建立 |
2.2 结果与分析 |
2.2.1 正常妊娠组孕酮分泌范型 |
2.2.2 其它典型孕酮分泌范型 |
2.3 讨论 |
2.3.1 荷斯坦青年母牛作为试验对象的稳定性 |
2.3.2 孕酮作为早期怀孕诊断指征的理论基础 |
2.4 小结 |
第三章 荷斯坦青年母牛繁殖力分析 |
3.1 材料与方法 |
3.1.1 试验材料 |
3.1.2 试验方法 |
3.2 结果与分析 |
3.2.1 早期隐性流产0-23天判定 |
3.2.2 早期隐性流产30-60天判定 |
3.2.3 荷斯坦青年母牛繁殖力公牛因素分析 |
3.2.4 荷斯坦青年母牛繁殖力分析 |
3.3 讨论 |
3.3.1 公牛因素与母牛繁殖力 |
3.3.2 早期黄体发育与母牛繁殖力 |
3.3.3 母-胎界面对奶牛繁殖力的影响 |
3.4 小结 |
第四章 早期隐性流产转录组研究 |
4.1 材料与方法 |
4.1.1 试验动物与分组 |
4.1.2 白膜层细胞的固定 |
4.1.3 主要仪器设备及试剂 |
4.1.4 总RNA提取、纯化与检测 |
4.1.5 cDNA文库建设与测序 |
4.1.6 生物信息学分析 |
4.1.7 差异基因荧光定量PCR验证 |
4.2 结果与分析 |
4.2.1 总RNA的提取与检测 |
4.2.2 生物信息学分析结果 |
4.3 讨论 |
4.3.1 外周血进行转录组学研究的可行性 |
4.3.2 黄体退化分子调控 |
4.3.3 荷斯坦牛神经胚阶段 |
4.3.4 荷斯坦牛早期胚胎的附植 |
4.3.5 早期隐性流产作为繁殖性状指标的可行性 |
4.4 小结 |
笫五章 结论 |
5.1 结论 |
5.2 下一步工作 |
参考文献 |
致谢 |
附录一 测序错误率分布图 |
个人简历 |
(2)鸭卵泡发育差异表达基因抑制性消减文库的构建及分析(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
第一部分 文献综述 |
第一章 差异表达基因的研究方法及应用 |
1 抑制性消减杂交技术在动物生殖与发育学上的应用 |
1.1 SSH的原理 |
1.2 SSH技术路线 |
1.3 SSH的优缺点 |
1.4 SSH技术在动物繁育研究中的应用 |
2 mRNA差异显示技术及其在动物生殖生理研究中的应用 |
2.1 DDRT-PCR技术原理 |
2.2 DDRT-PCR技术的优点 |
2.3 DDRT-PCR技术的缺点及其改进 |
2.4 DDRT-PCR技术在动物发育研究中的应用 |
3 基因表达系列分析及其在动物科学研究中的应用 |
3.1 SAGE原理及操作步骤 |
3.2 SAGE技术的优势,存在的问题及改进 |
3.3 SAGE在动物科学研究中的应用 |
4 基因芯片及其在动物基因研究中的应用 |
4.1 基因芯片概述 |
4.2 基因芯片主要技术流程 |
4.3 基因芯片的改进 |
4.4 基因芯片的应用 |
第二章 禽类卵泡发育调节的研究进展 |
1 禽类卵巢及卵泡发育的结构特点 |
2 禽类卵泡生长发育的调节 |
2.1 促性腺激素释放激素(GnRH)对卵泡发育的调节 |
2.2 促卵泡素(FSH)对卵泡发育的调节 |
2.3 促黄体素(LH)对卵泡发育的调节 |
2.4 雌激素对卵泡发育的调节 |
2.5 孕激素对卵泡发育的调节 |
2.6 促乳素(Prolactin,PRL)对卵泡发育的调节 |
2.7 抑制素(INH)对卵泡发育的调节 |
2.8 前列腺素(PG)对卵泡发育的调节 |
2.9 8-精催产素对卵泡发育的调节 |
2.10 细胞因子对卵泡发育的调节 |
2.11 褪黑素(MLT)对卵泡发育的调节 |
2.12 肾上腺皮质激素对卵泡发育的调节 |
3 卵泡闭锁的调节 |
4 禽类卵巢卵泡与产蛋 |
第二部分 实验研究 |
第三章 鸭最大等级卵泡与等级前卵泡正反消减文库的构建 |
1 材料与方法 |
1.1 实验材料 |
1.2 实验试剂 |
1.3 主要试剂的配制 |
1.4 实验仪器 |
1.5 样品总RNA提取 |
1.6 DSN介导的消减杂交 |
2 结果与分析 |
2.1 总RNA的结果检测 |
2.2 cDNA的合成质量检测 |
2.3 消减产物的PCR扩增结果 |
2.4 消减效率检测 |
2.5 消减文库cDNA的检测 |
2.6 测序与序列分析 |
3 讨论 |
3.1 关于抑制消减杂交技术 |
3.2 关于引物的设计 |
3.3 关于差异表达的基因 |
4 小结 |
第四章 鸭最大与最小等级卵泡正反消减文库的构建 |
1 材料与方法 |
1.1 实验材料 |
1.2 实验试剂 |
1.3 主要试剂的配制 |
1.4 实验仪器 |
1.5 样品总RNA提取 |
1.6 DSN介导的消减杂交 |
2 结果与分析 |
2.1 总RNA的结果检测 |
2.2 cDNA的合成质量检测 |
2.3 消减产物的PCR扩增结果 |
2.4 消减效率检测 |
2.5 消减文库cDNA的检测 |
2.6 测序与序列分析 |
3 讨论 |
3.1 文库消减文库中重要的差异表达基因 |
3.2 文库间差异基因的比较 |
4 小结 |
第六章 创新点 |
参考文献 |
致谢 |
缩略词表 |
攻读博士学位期间发表的论文 |
(3)黄萎病菌侵染过程中野生茄子托鲁巴姆的响应机制及病程相关基因的分离与表达分析(论文提纲范文)
摘要 ABSTRACT 缩略词表 引言 第一部分 文献综述 |
第一章 植物黄萎病及研究进展 |
1.1 黄萎病病原菌 |
1.1.1 病原菌生物学特征 |
1.1.2 病原菌寄主范围 |
1.1.3 病原菌的适宜环境 |
1.1.4 黄萎病菌致病机理 |
1.2 植物抗黄萎病机制 |
1.2.1 组织结构抗性 |
1.2.2 生理生化抗性 |
1.2.3 生物互作产生的抗性 |
1.3 植物抗黄萎病的育种研究进展 |
第二章 植物抗病基因研究进展 |
2.1 目前克隆的植物抗病基因 |
2.2 与植物抗黄萎病相关的基因的研究进展 |
2.2.1 黄萎病抗病基因研究进展 |
2.2.2 抗黄萎病防卫相关基因研究进展 |
2.3 植物抗病基因的克隆方法 |
2.3.1 图位克隆法 |
2.3.2 序列克隆法 |
2.3.3 功能克隆法 |
2.3.4 鸟枪克隆法 |
2.3.5 转座子标签法和T-DNA标签技术 |
2.3.6 R基因同源序列法 |
2.3.7 植物差异基因表达法 |
2.4 结束语 第二部分 研究报告 |
第三章 托鲁巴姆对黄萎病菌胁迫的响应机制研究 |
3.1 材料与方法 |
3.1.1 试验材料及处理 |
3.1.2 方法 |
3.2 结果与分析 |
3.2.1 抗病性鉴定 |
3.2.2 黄萎病菌侵染后茄子生理生化指标的变化 |
3.3 讨论 |
3.3.1 托鲁巴姆的抗病性 |
3.3.2 托鲁巴姆响应黄萎病菌侵染的生物学意义 |
第四章 黄萎病菌胁迫下托鲁巴姆基因的差异表达 |
4.1 材料与方法 |
4.1.1 植物材料 |
4.1.2 病原菌粗毒素的培养及接种 |
4.1.3 总RNA的提取 |
4.1.4 cDNA双链的合成 |
4.2 结果与分析 |
4.2.1 总RNA质量的检测 |
4.2.2 cDNA-AFLP技术体系的优化 |
4.2.3 托鲁巴姆黄萎病病程相关基因的差异表达分析 |
4.3 讨论 |
4.3.1 黄萎病菌诱导茄子的差异基因表达谱的建立 |
4.3.2 cDNA-AFLP体系的优化 |
4.3.3 cDNA-AFLP技术的优缺点及其利用 |
第五章 Stcyp450、Strpl16和StDAHP基因的克隆与表达分析 |
5.1 材料与方法 |
5.1.1 植物材料 |
5.1.2 病原菌的培养及接种 |
5.1.3 总RNA的提取与cDNA第一链的合成 |
5.1.4 茄子抗黄萎病相关基因的克隆 |
5.1.5 基因的生物信息学分析 |
5.1.6 半定量RT-PCR分析 |
5.2 结果与分析 |
5.2.1 Stcyp450基因的克隆与生物信息学分析 |
5.2.2 Strpl16基因的克隆与生物信息学分析 |
5.2.3 StDAHP基因的克隆与生物信息学分析 |
5.2.4 Stcyp450、Strpl16、StDAHP的表达特性分析 |
5.3 讨论 |
5.3.1 细胞色素P450基因与植物防卫 |
5.3.2 核糖体蛋白基因与植物防卫 |
5.3.3 StDAHP基因与植物防卫 全文结论 本研究的创新点 参考文献 附录 攻读博士学位论文期间发表的学术论文 致谢 |
(4)利用mRNA差异显示技术对苏淮白猪肌内脂肪沉积相关调控基因的分析(论文提纲范文)
摘要 |
ABSTRACT |
第一章 文献综述 |
1 肌肉与肌内脂肪 |
1.1 肌肉的结构特征 |
1.2 肌肉的生成过程 |
1.3 肌内脂肪 |
2 猪肌内脂肪含量相关的侯选基因 |
2.1 心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因 |
2.2 脂蛋白脂肪酶基因 |
2.3 激素敏感脂肪酶基因 |
2.4 其他影响猪IMF含量的QTL |
3 mRNA差异显示技术(DDRT-PCR)及其研究进展 |
3.1 DDRT-PCR技术原理 |
3.2 DDRT-PCR优缺点 |
3.3 DDRT-PCR技术发展与改进 |
3.4 DDRT-PCR在猪育种中的应用 |
4 本研究的目的意义 |
第二章 差异条带的获得与测序比对 |
1 实验材料 |
1.1 试验动物 |
1.2 网络资源及软件 |
1.3 试剂 |
1.4 仪器设备 |
2 实验方法 |
2.1 背最长肌肌内脂肪含量的测定 |
2.2 背最长肌组织RNA提取 |
2.3 甲醛变性琼脂糖凝胶电泳鉴定RNA质量 |
2.4 RNA池的制备 |
2.5 DNase Ⅰ处理 |
2.6 cDNA的合成 |
2.7 DDRT-PCR反应 |
2.8 12%聚丙烯酰胺凝胶制作及电泳 |
2.9 银染法显色 |
2.10 差异片段的切取 |
2.11 差异片段的再扩增 |
2.12 PCR产物测序 |
2.13 数据统计 |
3.结果 |
3.1 背最长肌肌内脂肪含量的测定 |
3.2 RNA纯度与浓度 |
3.3 cDNA鉴定结果 |
3.4 mRNA差异显示结果 |
3.5 差异片段的回收与再次扩增 |
3.6 差异片段纯化测序 |
3.7 差异片段的序列分析 |
3 讨论 |
3.1 适宜猪背最长肌mRNA差异显示分析总RNA的提取 |
3.2 猪背最长肌mRNA差异显示技术反应体系优化及建立 |
3.3 SNX17、SFRS18、MYH4基因与其所属蛋白家族 |
第三章 SNX17、SFRS18与MYH4的DDRT-PCR结果鉴定 |
1 实验材料 |
1.1 试验动物 |
1.2 网络资源及软件 |
1.3 试剂 |
1.4 仪器设备 |
2 实验方法 |
2.1 RNA提取与RNA池的制备 |
2.2 第一链cDNA的合成 |
2.3 PCR扩增 |
2.4 数据分析 |
3 结果与分析 |
全文结论 |
参考文献 |
附录 |
致谢 |
攻读硕士研究生期间发表论文情况 |
(5)籽鹅卵巢组织基因差异表达及产蛋相关基因定量的研究(论文提纲范文)
内容提要 |
前言 |
第一篇 文献综述 |
第1章 鹅产蛋性能的研究进展 |
1.1 通过遗传育种提高鹅的产蛋性能 |
1.2 鹅产蛋性能候选基因的研究 |
1.3 基因重组技术提高鹅的产蛋性能 |
1.4 光照周期的调控提高鹅产蛋性能 |
1.5 营养调控提高鹅的产蛋性能 |
1.6 添加外源激素提高鹅的产蛋性能 |
第2章 差异表达基因的研究方法 |
2.1 差别筛选 |
2.2 消减杂交 |
2.3 mRNA 差异显示技术 |
2.4 代表性差异分析 |
2.5 基因表达系列分析 |
2.6 抑制性消减杂交 |
2.7 基因芯片技术 |
2.8 交互扣除RNA 差别显示技术 |
2.9 差异消减展示 |
2.10 表达序列标签串联排列连接 |
2.11 GeneCalling 技术 |
2.12 基因鉴定集成法 |
2.13 高通量克隆和高通量筛选技术 |
2.14 高通量平行标记测序技术 |
第3章 抑制性消减杂交技术及其在动物基因研究中的应用 |
3.1 抑制性消减杂交技术的产生和发展 |
3.2 抑制性消减杂交技术的基本原理 |
3.3 抑制性消减杂交技术的方法流程 |
3.4 抑制性消减杂交技术的评价 |
3.5 抑制性消减杂交技术在动物基因研究中的应用 |
第4章 实时定量PCR 技术及其在动物研究中的应用 |
4.1 实时定量PCR 技术的背景 |
4.2 实时定量PCR 技术原理 |
4.3 实时定量PCR 技术的荧光标记方法 |
4.4 实时定量PCR 技术的应用 |
第二篇 研究内容 |
第1章 产蛋前期和产蛋期籽鹅卵巢组织消减cDNA文库的构建 |
1.1 材料与方法 |
1.2 结果 |
1.3 讨论 |
1.4 小结 |
第2章 籽鹅卵巢组织差异表达基因的筛选、鉴定及序列分析 |
2.1 材料与方法 |
2.2 结果 |
2.3 讨论 |
2.4 小结 |
第3章 籽鹅卵巢组织中部分差异表达基因的定量研究 |
3.1 材料与方法 |
3.2 结果 |
3.3 讨论 |
3.4 小结 |
第4章 籽鹅卵巢组织 ESR、FSHR 和 PRLR 基因表达的定量研究 |
4.1 材料与方法 |
4.2 结果 |
4.3 讨论 |
4.4 小结 |
结论 |
1 消减 cDNA 文库的构建 |
2 反向斑点杂交筛选差异表达基因 |
3 FTH 和 8 个未知基因的实时定量 PCR 检测 |
4 ESR、FSHR 和 PRLR 表达模式的研究 |
参考文献 |
攻读博士期间发表的学术论文 |
致谢 |
中文摘要 |
Abstract |
(6)mRNA差异显示技术的优化及其在苏淮猪育种中的应用(论文提纲范文)
1 DDRT-PCR技术的原理 |
2 DDRT-PCR的优缺点 |
3 DDRT-PCR技术的发展与改进 |
3.1 反转录模板 |
3.2 引物的改进 |
3.3 反应条件的优化 |
3.4 产物显示方法 |
3.5 降低假阳性 |
4 DDRT-PCR在猪育种中的应用 |
4.1 研究猪个体、种群或品种间在转录水平上的遗传变异 |
4.2 鉴定控制猪经济重要性状位点的侯选基因、抗病相关基因 |
4.3 研究猪胚胎发育相关基因 |
4.4 研究猪杂种优势机制 |
5 DDRT-PCR在苏淮猪育种中的应用 |
(7)大白菜和萝卜败蕾相关基因的差异表达及克隆研究(论文提纲范文)
摘要 |
ABSTRACT |
第一章 文献综述 |
1.1 植物细胞程序化死亡 |
1.1.1 植物细胞程序化死亡研究进展 |
1.1.2 高等植物营养器官发育中的PCD |
1.1.3 生殖器官发育中的PCD |
1.1.4 植物PCD 与植物的防御反应 |
1.1.5 植物PCD 相关的基因 |
1.1.6 用于植物PCD 的研究方法 |
1.1.7 植物PCD 与育种的关系 |
1.1.8 大白菜及萝卜败蕾现象 |
1.2 cDNA-AFLP 技术 |
1.2.1 cDNA-AFLP 技术的原理 |
1.2.2 cDNA-AFLP 的技术流程 |
1.2.3 cDNA-AFLP 技术的特点 |
1.2.4 cDNA-AFLP 技术的应用 |
1.3 mRNA 差异显示技术 |
1.3.1 mRNA 差异显示技术的原理 |
1.3.2 mRNA 差异显示的特点 |
1.3.3 mRNA 差异显示技术的改进 |
1.3.4 mRNA 差异显示技术的应用 |
1.4 电子克隆技术 |
1.4.1 电子克隆的原理 |
1.4.2 电子克隆的方案 |
1.4.3 电子克隆的应用 |
1.5 本研究目的与意义、研究内容与技术路线 |
1.5.1 本研究目的与意义 |
1.5.2 研究内容 |
1.5.3 本研究的技术路线 |
第二章 m RNA 差异显示技术分离萝卜败蕾基因 |
2.1 材料与方法 |
2.1.1 植物材料 |
2.1.2 生化试剂及引物序列 |
2.1.3 仪器 |
2.1.4 试验方法 |
2.2 结果与分析 |
2.2.1 DNA 提取质量 |
2.2.2 两种RNA 提取方法的比较 |
2.2.3 DDRT-PCR 扩增体系优化 |
2.2.4 RNA 提取质量 |
2.2.5 萝卜败蕾 DD-PCR 扩增 |
2.2.6 cDNA 片段的克隆及菌液PCR 的鉴定 |
2.2.7 测序所得EST 序列分析 |
2.3 讨论 |
2.3.1 萝卜败蕾材料DNA Ladder 的研究 |
2.3.2 mRNA 差异显示技术的优、缺点及克服假阳性的方法 |
2.3.3 败蕾的可能机理 |
第三章 萝卜相关的ESTs 的电子克隆及序列分析 |
3.1 材料与方法 |
3.1.1 供试材料、种子序列和引物 |
3.1.2 方法 |
3.1.3 RT-PCR 验证 |
3.2 结果与分析 |
3.2.1 电子克隆 |
3.2.2 RT-PCR 验证 |
3.2.3 EST14-2 序列分析 |
3.2.4 EST35-1 电子克隆序列分析 |
3.3 讨论 |
3.3.1 RNA 解螺旋酶与萝卜败蕾的可能关系 |
3.3.2 光系统I 组装蛋白ycf4 与萝卜败蕾的可能关系 |
3.3.3 电子克隆的优缺点 |
3.3.4 本研究的意义 |
第四章 大白菜败蕾相关基因的cDNA-AFLP 差异表达分析 |
4.1 材料与方法 |
4.1.1 材料 |
4.1.2 试验方法 |
4.2 结果与分析 |
4.2.1 大白菜不同败蕾时期花蕾RNA 提取与纯化 |
4.2.2 cDNA 一链合成 |
4.2.3 cDNA 二链合成 |
4.2.4 预扩增 |
4.2.5 选择性扩增 |
4.2.6 大白菜败蕾相关基因差异片段的序列分析 |
4.3 讨论 |
4.3.1 大白菜败蕾与萝卜败蕾的异同点 |
4.3.2 大白菜败蕾的可能机理 |
4.3.3 cDNA-AFLP 技术的优、缺点 |
4.3.4 完整开放阅读框的判断原则 |
第五章 大白菜败蕾相关EST 的电子克隆及序列分析 |
5.1 材料与方法 |
5.1.1 供试材料、种子序列和引物 |
5.1.2 方法 |
5.1.3 RT-PCR 验证 |
5.2 结果与分析 |
5.2.1 电子克隆 |
5.2.2 RT-PCR 验证 |
5.2.3 EST54-1 序列分析 |
5.3 讨论 |
5.3.1 叶绿体苹果酸脱氢酶 |
5.3.2 大白菜电子克隆的可行性分析 |
第六章 结论 |
参考文献 |
致谢 |
作者简介 |
(8)大白×梅山猪杂交组合亲子代间脂肪组织差异表达基因的分离和功能初步研究(论文提纲范文)
摘要 |
ABSTRACT |
资源家系测定性状的英文缩写 |
第一章 文献综述 |
1 猪脂肪组织代谢调控及其内分泌功能的研究进展 |
1.1 脂肪组织代谢的营养调控 |
1.2 动物脂肪组织代谢的激素和酶类调控 |
1.3 脂肪组织的内分泌功能的研究进展 |
1.3.1 脂联素(adiponection) |
1.3.2 抵抗素(resistin) |
1.3.3 Visfatin |
2 基因的差异表达与杂种优势的遗传机理 |
3 mRNA差异显示技术(mRNA Differential Display PCR,DD-PCR) |
3.1 原理 |
3.2 DD-PCR的技术改进 |
3.2.1 有序差异显示(Ordered Differential Display,ODD) |
3.2.2 d差异显示(Delta Differential Display) |
3.2.3 PACS(Differential mRNA fingerprinting by preferential amplification of coding sequences)法 |
3.3 差异显示基因差异表达的阳性验证 |
3.3.1 核酸分子杂交 |
3.3.2 PCR技术 |
4.启动子功能性分析的研究策略 |
4.1 真核生物启动子的结构 |
4.1.1 真核生物启动子的种类 |
4.1.2 RNA聚合酶Ⅱ启动子的结构 |
4.2 TAIL-PCR法用于已知基因启动子序列的分离 |
4.3 启动子功能性分析的方法 |
第二章 研究的目的和意义 |
第三章 材料和方法 |
1 材料 |
1.1 试验样品 |
1.1.1 用于总RNA提取的组织样品 |
1.1.2 试验猪群与DNA样品 |
1.2 主要仪器和设备 |
1.3 主要试剂 |
1.3.1 试剂盒 |
1.3.2 常规试剂 |
1.3.3 载体和菌珠 |
1.4 主要应用软件和数据库 |
2 试验方法 |
2.1 组织总RNA的提取 |
2.2 SMART双链cDNA的合成 |
2.3 DD-PCR |
2.3.1 反转录合成第一链cDNA |
2.3.2 差异显示PCR |
2.4 差异显示EST重扩增、克隆与测序 |
2.4.1 差异显示EST重扩增与回收 |
2.4.2 差异显示EST的克隆和测序 |
2.4.2.1 产物连接 |
2.4.2.2 DH5a感受态细胞制备 |
2.4.2.3 转化 |
2.4.2.4 PCR法鉴定阳性克隆、测序 |
2.5 差异表达EST的半定量RT-PCR鉴定 |
2.6 基于差异表达EST的cDNA全长的克隆 |
2.6.1 电脑克隆 |
2.6.2 RACE-PCR |
2.7 差异基因的表达分析 |
2.7.1 Real-Time PCR引物设计 |
2.7.2 差异表达基因的进一步鉴定 |
2.7.3 差异表达基因的组织表达谱分析 |
2.8 差异基因的基因结构分析 |
2.9 差异基因启动子序列的分离 |
2.10 启动子功能分析 |
2.10.1 猪ACL和IDH3B基因启动子区真核表达载体的构建 |
2.10.1.1 引物设计 |
2.10.1.2 双酶切 |
2.10.1.3 连接 |
2.10.1.4 重组质粒的原核表达鉴定 |
2.10.1.5 质粒的抽提及酶切鉴定 |
2.10.2 细胞培养和转染 |
2.10.2.1 细胞培养 |
2.10.2.2 瞬时转染 |
2.10.2.3 细胞冻存与复苏 |
2.10.3 荧光素酶相对活性测定与分析 |
2.11 差异表达基因的多态性分析与SNP研究 |
第四章 结果与分析 |
1 组织总RNA的提取及反转录 |
2 SMART cDNA的合成 |
3 差异显示锚定引物的筛选 |
4 差异显示结果 |
4.1 杂种与亲本间基因表达模式 |
4.2 120日龄和180日龄杂种与亲本间基因表达模式比较 |
4.3 差异显示EST的重扩增 |
4.4 差异显示EST序列的同源性比对 |
5 基因差异表达的半定量RT-PCR验证 |
6 差异基因全长克隆以及序列分析 |
6.1 F39(ACL: ATP citrate lyase) |
6.2 F52(SMPX: small muscle protein, X-linked) |
6.3 F55(ANGPTL4: angiopoietin-like 4) |
6.4 F96(IDH1: NADP~+-isocitrate dehydrogenase) |
6.5 S22(IDH3β: β subunit of NAD~+-isocitrate dehydrogenase) |
6.6 S30(IDH3γ: γ subunit of NAD~+-isocitrate dehydrogenase) |
6.7 S36(RPL28: ribosomal protein L28) |
7 差异基因的表达分析 |
7.1 Real-timePCR进一步揭示基因的表达差异 |
7.2 组织表达谱分析 |
8 差异基因的基因组结构分析及多态性研究 |
8.1 ANGPTL4 |
8.2 IDH1 |
8.3 IDH3β |
8.4 IDH3γ |
9 差异基因多态性与性状的关联分析 |
9.1 ACL基因多态性与性状的关联分析 |
9.1.1 ACL基因第24内含子插入突变多态性与性状的关联分析 |
9.1.2 ACL基因XhoI-RFLP基因型与生产性状的关联分析 |
9.2 ANGPTL4基因第3内含子单核苷酸多态性与生产性状的关联分析 |
9.3 IDH3β基因多态性与性状的关联分析 |
9.3.1 IDH3β基因11第内含子小卫星多态与性状的关联分析 |
9.3.2 IDH3β基因5’侧翼区插入突变多态性与性状的关联分析 |
9.4 IDH3γ基因第二内含子微卫星多态与性状的关联分析 |
10 ACL和IDH3β基因启动子功能的初步分析 |
10.1 ACL和IDH3β基因5’侧翼序列的获得 |
10.2 ACL和IDH3β基因启动子区重组质粒的构建 |
10.3 ACL和IDH3β基因启动子重组质粒的活性测定与分析 |
第五章 讨论 |
1 关于mRNA差异显示技术 |
1.1 mRNA差异显示技术作为本试验研究手段的优势 |
1.2 降低mRNA差异显示技术假阳性率的措施 |
2 关于差异表达基因的鉴定 |
3 关于Real-time PCR技术 |
3.1 PCR引物的设计 |
3.2 PCR扩增条件的优化 |
4 关于差异表达基因 |
4.1 ACL基因 |
4.2 ANGPTL4基因 |
4.3 IDH基因 |
4.4 SMPX基因 |
4.5 RPL28基因 |
5 关于猪新基因的组织表达谱分析 |
6 关于TAIL-PCR技术 |
7 关于双荧光素酶报告基因检测系统 |
8 关于分子标记的遗传效应 |
8.1 ACL基因多态的遗传效应分析 |
8.2 ANGPTL4基因第3内含子PCR-SSCP的遗传效应分析 |
8.3 IDH3基因多态的遗传效应分析 |
9 关于下一步工作 |
小结 |
参考文献 |
附录 |
致谢 |
(9)鳗弧菌感染相关的牙鲆差异表达基因的克隆与分析(论文提纲范文)
中文摘要 |
英文摘要 |
第一章 文献综述 |
第一节 海水鱼类的细菌性疾病 |
1 海水鱼类的细菌性疾病及研究进展 |
2 海水养殖鱼类细菌性疾病的防治方法 |
第二节 鱼类免疫学研究概况 |
1 鱼类免疫学发展简史 |
2 鱼类的免疫系统 |
3 鱼类的免疫机制 |
第三节 鱼类抗病分子育种研究进展 |
1 抗病相关功能基因筛选 |
2 转基因育种 |
3 遗传连锁图谱构建及分子标记辅助育种 |
4 胚胎干细胞系建立与基因定点突变育种 |
第四节 mRNA 差异显示技术 |
1 差异显示技术的主要原理 |
2 差异显示技术的优点 |
3 差异显示技术存在的问题 |
4 差异显示技术上的改进 |
5 差异显示的衍生技术 |
6 差异显示技术在鱼类研究中的应用 |
第五节 本论文的研究目的及意义 |
第二章 DD-PCR 分离鳗弧菌感染前后差异表达的牙鲆cDNA |
引言 |
1 材料和方法 |
1.1 实验材料 |
1.2 总RNA 的提取、纯化及检测 |
1.3 cDNA 的合成 |
1.4 引物设计、PCR 扩增及PAGE 电泳 |
1.5 差异片段的回收与再扩增 |
1.6 差异片段的克隆 |
1.7 差异片段的RT-PCR 验证 |
1.8 差异片段的表达分析 |
2 结果与分析 |
2.1 总RNA 的提取与检测 |
2.2 m RNA 差异显示结果 |
2.3 差异片段的回收与再扩增 |
2.4 PCR 产物克隆、测序及序列比对分析 |
2.5 差异片段的RT-PCR 验证 |
2.6 差异片段的组织表达分析 |
3 讨论 |
3.1 关于差异显示技术 |
3.2 差异片段的序列比对和组织表达 |
第三章 牙鲆 IL-1RII 基因全长cDNA 的克隆及分析 |
引言 |
1 材料与方法 |
1.1 实验材料 |
1.2 SMART RACE 扩增 |
1.3 RACE 产物的纯化、克隆及测序 |
1.4 基因的组织表达分析 |
1.5 序列和图像分析 |
2 结果与分析 |
2.1 牙鲆IL-1RII 基因全长cDNA 的克隆 |
2.2 牙鲆IL-1RII 基因的序列和结构分析 |
2.3 牙鲆IL-1RII 基因的同源性和进化分析 |
2.4 牙鲆IL-1RII 基因的组织表达分析 |
3 讨论 |
3.1 牙鲆IL-1RII 基因全长cDNA 的克隆 |
3.2 牙鲆IL-1RII 基因的序列和结构分析 |
3.3 牙鲆IL-1RII 基因的表达及其在鱼类免疫中的作用 |
第四章 牙鲆 TM45F4 基因全长cDNA 的克隆及分析 |
引言 |
1 材料与方法 |
2 结果与分析 |
2.1 牙鲆TM45F4 基因全长cDNA 的克隆 |
2.2 牙鲆TM45F4 基因的序列和结构分析 |
2.3 牙鲆TM45F4 基因的同源性和系统进化分析 |
2.4 牙鲆TM45F4 基因的组织表达分析 |
3 讨论 |
3.1 牙鲆TM45F4 基因全长cDNA 的克隆和序列分析 |
3.2 牙鲆TM45F4 基因的表达及其在鱼类免疫中的作用 |
参考文献 |
致谢 |
(10)mRNA差异显示技术及其在寄生虫学研究中的应用(论文提纲范文)
1 mRNA差异显示PCR技术原理 |
2 mRNA差异显示技术的优缺点以及技术改进 |
2.1 mRNA差异显示技术的优缺点 |
2.2 mRNA差异显示技术的改进 |
3 mRNA差异显示技术在寄生虫学研究中的应用和展望 |
四、mRNA差异显示技术及其在动物遗传研究中的应用(论文参考文献)
- [1]基于转录组学鉴定荷斯坦青年母牛繁殖力性状相关基因及机理研究[D]. 赵国丽. 宁夏大学, 2019(02)
- [2]鸭卵泡发育差异表达基因抑制性消减文库的构建及分析[D]. 卢立志. 浙江大学, 2011(12)
- [3]黄萎病菌侵染过程中野生茄子托鲁巴姆的响应机制及病程相关基因的分离与表达分析[D]. 王忠. 南京农业大学, 2009(06)
- [4]利用mRNA差异显示技术对苏淮白猪肌内脂肪沉积相关调控基因的分析[D]. 李开桢. 南京农业大学, 2009(S1)
- [5]籽鹅卵巢组织基因差异表达及产蛋相关基因定量的研究[D]. 康波. 吉林大学, 2009(08)
- [6]mRNA差异显示技术的优化及其在苏淮猪育种中的应用[J]. 李开桢,曲亮,黄瑞华,石放雄,邱新深,周波,刘红林,王林云. 畜牧与兽医, 2008(10)
- [7]大白菜和萝卜败蕾相关基因的差异表达及克隆研究[D]. 贾晋. 西北农林科技大学, 2008(11)
- [8]大白×梅山猪杂交组合亲子代间脂肪组织差异表达基因的分离和功能初步研究[D]. 任竹青. 华中农业大学, 2007(10)
- [9]鳗弧菌感染相关的牙鲆差异表达基因的克隆与分析[D]. 范玉顶. 中国海洋大学, 2007(03)
- [10]mRNA差异显示技术及其在寄生虫学研究中的应用[J]. 王运宏,孙延鸣,薄新文. 动物医学进展, 2007(05)