一、石磺的生物学特性及其增养殖前景分析（论文文献综述）
黄笑含[1]（2020）在《瘤背石磺低频听力基因的克隆验证及其潮汐感知能力的初步探究》文中研究表明瘤背石磺（Onchidium reevesii）是生活于滩涂湿地的半咸水两栖生物,为腹足纲（Gastropoda）、肺螺亚纲（Pulmonata）、缩眼目（Systellommatophora）、石磺科（Onchidiidae）贝类,是一种具有很高的食用和药用价值的贝类[1,2]。其生活分布区域常见于中国的江苏省、上海市、浙江省、福建省、广东省等地的淡水与海水交汇处的高潮带,温度适应能力十分强、分布范围广阔、野生资源量非常丰富。从形态角度观察瘤背石磺并未进化出完整的心血管系统,仅在皮肤组织内部存有少量的血窦,使其通过皮肤呼吸来获取氧气的能力不足,因而瘤背石磺进化出“肺囊”来作为身体获取氧气的主要器官。行为学上,瘤背石磺也表现出长期且精确的“归家行为”,高潮期生活在巢穴、洞穴、岩缝及植物杆上,低潮时段出来摄取暴露在潮间带滩涂泥土表面物上的腐殖质和藻类等食物,从不同巢穴中出来的石磺在潮水再次涨起的1小时前能同时回家,体现高度的精确性和复杂性。贝类平衡囊和耳石多认为是感应重力加速度和角加速度的感觉器官[3,4],但瘤背石磺耳石结构小、不易分离获取。本实验室对瘤背石磺神经组织分离研究较为成熟,且其感知潮汐并归家离不开神经感应。为探究“归家行为”这一特殊行为习性中石磺对潮汐精准感知能力所具有的高度精确性、复杂性及其影响因素,本研究选取瘤背石磺神经组织作为研究对象,利于基因克隆、荧光定量和原位杂交技术,初步探究与瘤背石磺低频听力相关的基因,并进行兴趣基因的多时空表达分析,推测瘤背石磺感知潮汐与听力能力之间的相关性,为石磺感知潮汐并及时反应的作用机理提供基础性理论数据。本文主要研究内容如下:1、瘤背石磺OnWSF1和OnPMCA2基因的克隆及其验证克隆得到瘤背石磺OnWFS1和OnPMCA2基因全长序列为3003bp和5091bp,分别编码814和1208个氨基酸。根据氨基酸组分分析显示,OnWFS1和OnPMCA2基因编码蛋白均为稳定蛋白。软件预测OnWFS1蛋白有9个跨膜区域,为编码内质网跨膜糖蛋白;OnPMCA2蛋白有8个跨膜区域,同样为跨膜蛋白。OnWFS1和OnPMCA2蛋白在二级结构预测中含有多数的α螺旋结构,这为构成蛋白活性中心以及催化中心奠定了结构化基础。通过氨基酸序列对比发现,瘤背石磺OnWFS1和OnPMCA2都与加州海兔有较高序列同源性。对瘤背石磺其他基因所编码的氨基酸序列系统进化树分析显示瘤背石磺与加州海兔的进化关系相对较近。分析瘤背石磺蛋白腺、神经、肝胰腺、性腺、肠道、背部、腹足和口器等组织OnWFS1和OnPMCA2基因表达情况。结果显示OnWFS1和OnPMCA2基因在瘤背石磺各组织中均有表达,q RT-PCR结果显示,在石磺神经组织中OnWFS1和OnPMCA2基因的表达量都明显高于其他组织。2、不同组瘤背石磺神经组织OnWFS1和OnPMCA2基因的多时空定量分析利用低频声波发生器不同频率声波（0Hz、10Hz、40Hz、70 Hz、100 Hz、130 Hz、160 Hz、190 Hz、220Hz、250 Hz、280 Hz、310 Hz）及野外潮汐两部分干扰瘤背石磺,探讨瘤背石磺神经组织中OnWFS1和OnPMCA2基因的表达情况。通过定量分析结果可知,130Hz～310Hz频率干扰时,OnWFS1和OnPMCA2基因有显着增高的趋势,且OnPMCA2基因对160Hz到310Hz范围内的声波刺激感知更为敏感。野外的三组石磺神经组织OnWFS1和OnPMCA2基因定量分析,结果显示05月08日崇明岛当地直接采集和07月08在东海暂养两个月后采集的瘤背石磺,其神经组织OnWFS1和OnPMCA2基因表达量都与当地当日潮汐趋势基本一致,海水涨潮时,两基因高表达,海水退潮至潮水最低点期间,基因表达量相对较低。而05月18日在东海暂养10天的瘤背石磺OnWFS1和OnPMCA2与东海当日潮汐趋势并不一致,没有关联,甚至相对于退潮时,涨潮时表达量降低。3、瘤背石磺神经组织OnWFS1和OnPMCA2基因的原位杂交分析通过原位杂交实验探究空白无处理组、280Hz低频声波干扰组和东海野外潮汐干扰组三组瘤背石磺神经组织中OnWFS1和OnPMCA2基因的表达与动态分布情况。总体来说,在瘤背石磺神经节中OnWFS1和OnPMCA2基因表达较为广泛,只是杂交信号强度不同,基本表述为280Hz低频声波干扰组>东海野外潮汐干扰组>空白组,这个实验结果与本文第三章节荧光定量结果一致,实验结果可信。OnWFS1和OnPMCA2基因在瘤背石磺神经组织各神经节中的动态分布过程说明石磺对低频声波的感应在神经节之间是相互联系的,而不仅仅局限于单个神经节或者单个神经元细胞。
杨铁柱[2]（2020）在《瘤背石磺潮汐感知的分子机制探究》文中提出瘤背石磺（Onchidium reevesii）是生活于滩涂湿地的半咸水两栖性生物是一种具有很高的食用和药用价值的贝类[1,2]。其生活分布区域常见淡水与海水交汇处的高潮带,其温度适应能力十分强、分布范围广阔、野生资源量非常丰富,江苏盐城,上海崇明、浙江温州、福建福安等地一直以来均有销售,被认为是有助治料风湿病、哮喘病,产后大补身体的很有特色的水产品。从形态角度观察瘤背石磺并未进化出完整的心血管系统,仅在皮肤组织内部存有少量的血窦,使其通过皮肤呼吸来获取氧气的能力不足,因而瘤背石磺进化出“肺囊”来作为身体获取氧气的主要器官。行为学上,瘤背石磺也表现出长期且精确的“归家行为”,高潮期生活在巢穴、洞穴和岩缝中,低潮时段出来摄取暴露在潮间带滩涂泥土表面物上的腐殖质和藻类等食物,从不同巢穴中出来的石磺在潮水再次涨起来1小时前能同时回家,推测可能是因为其内在的位置记忆能力,体现出此过程的高度精确性和复杂性,分析可能由外部环境授时因子（光线强弱、海风大小、湿度变化和潮水声浪等）或者生物体内节律性分子机制的精确运转等因素的相互影响该归巢行为的产生。本研究旨在构建第一个瘤背石磺全长转录组数据,以及利用RNAseq技术筛选出与瘤背石磺归巢行为相关联的生物节律性和环境感知性的基因,期望为瘤背石磺高通量测序以及生物潮汐节律性研究提供参考。主要研究内容如下:1. 瘤背石磺神经环组织的全长转录本测序和RNAseq二代数据利用RNAseq二代转录组数据对Pac Bio三代测序结果进行纠错和去冗余之后,获得的全长转录组数据大小为346,560,411 bp,共有144,372个转录本,预测得到43,283个序列的开放阅读框（Open reading frame,ORF）,以及分析预计有3,665个转录翻译蛋白属于分泌性蛋白,平均序列长度为2,400 bp,序列最长的可达到12,779 bp,序列最短的仅为367 bp,序列的中位数长度和N50长度分别为2,322 bp和2,719 bp。全长转录本序列的注释结果中显示,未能注释到的转录本数高达89,446条,占全部转录本的61.96%。而在各数据库中注释得到的结果中,占优势数量的转录本是参与到细胞过程、新陈代谢过程以及信号转导通路中。利用NGS测序技术,选取在不同潮汐时间段的瘤背石磺作为研究对象,构建测序文库,使用已获得的全长转录本数据作为参考转录组进行Map分析。经过差异表达分析可知,退潮期（A）与低潮期（B）的转录本比较显示,共有3,986个转录本有显着差异,其中上调转录本为2,145个,下调转录本为1,841个。而退潮期（A）与涨潮期（C）的转录本比较,共有3,538个转录本有显着差异,其中上调转录本为1,114个,下调转录本为2,424个。而低潮期（B）与涨潮期（C）的转录本比较,共有4,261个转录本有显着差异,其中上调转录本为1,230个,下调转录本为3,031个。将差异基因进行富集分析可知,富集到与信号转导有关的通路差异表达转录本基因在数量上是占优势的。作为瘤背石磺处理分析外界环境信号的中枢,在信号转导通路中转录本表达差异最多也符合一般认知。2. 节律性基因在潮汐感知过程中的功能分析节律性基因Period和Timeless是周期性振荡表达的基因,且其振荡周期大约是24小时,而每天的潮汐节律大概为24.8小时（两次潮）,也接近于24小时。利用荧光定量PCR技术,分析在不同潮汐时刻节律性基因的表达变化。从瘤背石磺神经环组织中克隆得到了Or TIM1和Or TIM2的转录本序列。Or TIM1和Or TIM2基因的全长转录本序列长度为2,781 bp和4,995 bp。其中Or TIM1序列分析显示,其ORF框长度为1,431 bp,编码476个氨基酸残基形成多肽链,该转录本所编码的多肽链的相对分子质量为53.426 KDa,该多肽链的理论酸碱平衡等电点为4.70,氨基酸链中占比最高的氨基酸为亮氨酸（Leu,11.6%）和丝氨酸（Ser,11.6%）。其中Or TIM2序列分析显示,其ORF框长度为1,662 bp,编码554个氨基酸残基形成多肽链,该转录本所编码的多肽链的相对分子量为62.888 KDa,该多肽链的理论酸碱平衡等电点为5.14,氨基酸链中占比最高的氨基酸为亮氨酸（Leu,12.3%）。在高级结构预测中,Or TIM1和Or TIM2的氨基酸序列中都存在着TIMless超家族结构域,且与光滑双脐螺的亲缘进化关系更为接近。在对Or TIM1、Or TIM2和Or PER2基因在瘤背石磺神经环组织不同潮汐时刻下的表达量分析可知,三个基因的相对表达量变化趋势是大致相似的。在24小时内的两个潮水涨落过程中,既有表达量上升的时间段,也有表达量相对稳定时间,而且相对表达量趋势稳定的时间多位于取样时间为白昼的时刻。其中,比较明显的是,Or TIM1、Or TIM2和Or PER2三个基因在夜晚的表达量相比于白昼是较多的。推测所选的三个节律性基因的周期性振荡表达与昼夜节律的相关性更强。3. 低氧诱导通路在潮汐过程的表达分析当瘤背石磺从被潮水淹没状态出来后,其生物体细胞内的氧气含量应该是比较低的。本部分内容成功从瘤背石磺的神经环组织中克隆得到了Or HIF1?和ORFIH1两个基因的转录本序列。通过生物信息学分析可知,Or HIF1?和Or FIH1基因的全长转录本序列长度为4,980 bp和2,988 bp。其中Or HIF1?序列分析显示,其ORF框长度为1,827 bp,编码609个氨基酸残基形成一条多肽链,该转录本所编码的多肽链的相对分子质量为67.651 KDa,该多肽链的理论酸碱平衡等电点为5.97,氨基酸链中占比最高的氨基酸为亮氨酸（Leu,9.5%）和脯氨酸（Pro,8.7%）。其中Or FIH1序列分析显示,其ORF框长度为471 bp,编码157个氨基酸残基构成多肽链,该转录本所编码的多肽链的相对分子质量为17.813 KDa,该多肽链的理论酸碱平衡等电点为8.74,氨基酸链中占比最高的氨基酸为赖氨酸（Lys,10.2%）。在高级结构预测中发现Or HIF1?基因翻译的氨基酸链中有一个典型PAS结构域。进化树图形结果显示,两基因与同为腹足纲生物的光滑双脐螺和加州海兔的亲缘关系非常接近。Or HIF1?基因的表达趋势在14个潮汐涨落周期中是大致相似的,一般为在退潮期的时候表达量比低潮期和涨潮期相对较高。与此相对应的是,Or FIH1基因的表达趋势反而是在退潮期表达量最低。但是在5月20日21:20分时间点的取样规律却显示异常,两基因在该时间段表达量都很高。虽然以此假定瘤背石磺能及时归巢与体内的溶氧状态充足所致使的依然缺少足够的数据支持,但是可以为今后探讨瘤背石磺在潮间带滩涂区域适应性进化提供基础数据。4. 低频感知类基因在不同声波频率刺激下的表达分析集中探讨低频感知类基因在瘤背石磺感知低频声波中是否发挥着作用。通过克隆得到的Or PLC和Or CALMβ基因的全长转录本序列长度为2,578 bp和1,903 bp。其中Or PLC序列分析显示,其ORF框长度为1,881 bp,编码627个氨基酸残基构成一条多肽链,该转录本所编码的多肽链的相对分子质量为71.473 KDa,该多肽链的理论酸碱平衡等电点为6.52,氨基酸链中占比最高的氨基酸为丝氨酸（Ser,9.4%）和亮氨酸（Leu,9.1%）。其中Or CALMβ序列分析显示,其ORF框长度为501 bp,编码167个氨基酸残基形成一多肽链,该转录本所编码的多肽链的相对分子质量为18.972 KDa,该多肽链的理论酸碱平衡等电点为4.59,氨基酸链中占比最高的氨基酸为谷氨酸（Glu,12%）和天冬氨酸（Asp,10.2%）。在高级结构预测中,Or PLC蛋白链中分别拥有磷脂酶C典型的PH和EF hand结构域,而在Or CALMβ中则存在有FRQ结构域。两基因的进化关系上是与加州海兔更为接近。从对磷脂酶C的定量分析图中可以看出,通过与对照组进行相比较,可知在刺激声波频率为10Hz到70HZ的时候,Or PLC基因的表达量基本是稳定的,而当频率提升到100Hz-160Hz时,可以看出Or PLC基因表达的活性是被降低的。而在声波频率达到220Hz和280Hz时,Or PLC基因是属于高表达的状态。而在Or CALMβ的表达分析图中可知,在对照组的24小时的取样时间内,Or CALMβ的表达是有差异的,当声波刺激频率是40-70Hz时,Or CALMβ的表达趋势非常平稳。同Or PLC基因相似,在100Hz-160Hz时Or CALMβ的表达时呈现下降趋势,当声波刺激频率提升到220Hz时,Or CALMβ的表达在0.5 h有一个陡然升高的阶段。定量分析结果是支持瘤背石磺可以感知到空气中声波刺激,为今后进一步确认瘤背石磺等潮间带生物的适应性进化提供基础数据。
史艳梅,黄笑含,杨铁柱,沈和定,许国绿,顾冰宁[3]（2020）在《瘤背石磺代谢蛋白PAK2基因的克隆、相对表达量及进化分析》文中认为p21活化蛋白激酶2（PAK2）在生物中具有促进细胞增殖生长、抗凋亡等重要作用,可激活细胞增殖生长相关基因的表达。为探究PAK2基因在石磺细胞增殖代谢中的作用,通过RACE技术克隆得到瘤背石磺（Onchidium reevesii）PAK2基因的cDNA全长,并利用实时荧光定量PCR（q RT-PCR）技术分析PAK2基因在不同组织中的相对表达情况。结果表明,瘤背石磺PAK2基因cDNA全长1 809 bp,包含1 488 bp的开放阅读框,共编码495个氨基酸,基因序列较为保守。序列分析结果显示,瘤背石磺和光滑双脐螺（Biomphalaria glabrata）PAK2基因相似度达到83%,氨基酸序列同源性高达88%。通过生物进化分析研究得出瘤背石磺与绿色海蜗牛（Elysia chlorotica）的进化关系相对较近。q RT-PCR结果显示,肠道和背部PAK2基因表达量明显高于其他组织,其次为神经组织和肝胰腺,腹足、口器和性腺的表达量处于中等水平,而蛋白腺表达最低。初步阐明了瘤背石磺PAK2基因的生物信息学特征以及在各组织中的表达水平,为研究其在石磺科贝类中的具体作用机理奠定了基础。
梁威[4]（2020）在《瘤背石磺Ca2+信号通路相关基因对感知潮汐节律的初步研究》文中指出栖息于潮间带的海洋无脊椎动物具有多种生物节律以适应环境的变化,如:昼夜节律、潮汐节律和月节律等,这些生物节律都与神经系统的可塑性调节密不可分。海洋无脊椎动物的神经系统的结构比高等脊椎动物相比较简单,是研究神经系统相关功能的良好材料。栖息于潮间带的海洋无脊椎动物瘤背石磺广泛分布于我国东南部沿海地区,易于获得且神经系统结构非常简单,是研究神经系统的可塑性调节的良好材料,可发展成为一种优良的海洋软体动物模型。本实验室前期已经鉴定出我国沿海地区主要有4种石磺,其中瘤背石磺神经系统结构简单,为研究其如何感知潮汐节律的机制提供了便利,同时也是研究潮间带海洋动物生物节律的良好材料。本实验主要通过瘤背石磺神经节部位Ca2+信号通路相关基因的克隆表达分析,Western blot对Or Ca MKII蛋白的定位分析和低频声波频率模拟潮汐对瘤背石磺神经可塑性调节初步的探索。1.Or Ca M,Or Ca MKII和Or Ca MKIV基因的克隆和组织表达分析Ca2+信号通路是节律性调节的重要通路之一,具有神经可塑性调节的功能。当机体受到环境胁迫、病毒入侵和机械损伤等外界因素的刺激时,内流的Ca2+与Ca M结合形成Ca2+/Ca M复合物后被激活,从而激活下游基因Ca MK发生磷酸化,接着CREB被激活,引起相应的生理行为的改变。为了探究瘤背石磺由海洋向陆地进化过程中Ca2+信号通路机制调节的作用,进一步理解该信号通路在瘤背石磺神经调节中发挥的生理功能奠定基础。本实验以瘤背石磺神经节为实验材料,利用RACE-PCR技术克隆到Ca M、Ca MKII和Ca MKIV基因的c DNA序列,并进行生物信息学分析和q RT-PCR实验。结果显示,Or Ca M基因的c DNA全长2 123 bp,开放阅读框为465 bp,共编码155个氨基酸,具有4个Eh-hand结构域。预测该基因编码的多肽链的原子数量是2 387,分子量约为17 421 k Da,理论等电点4.03,分子式为C742H1170N200O267S8。Or Ca MKII基因的c DNA全长1 656 bp,开放阅读框为1 347 bp,共编码449个氨基酸,具有S＿TKc结构域;预测该基因编码的多肽链的原子数量是7 178,分子量约为50.853 k Da,理论等电点7.24,分子式为C2277H3593N629O666S13,N端信号肽由1～29个氨基酸组成。Or Ca MKIV基因的c DNA全长1 603 bp,开放阅读框为1 032 bp,共编码343个氨基酸,具有S＿TKc结构域;预测该基因编码的多肽链的原子数量是5 490,分子量约为3.873 7 ku,理论等电点6.12,分子式为C1741H2768N452O514S15,N端信号肽由1～29个氨基酸组成。荧光定量PCR检测Or Ca M-Or Ca MKII-CREB1基因在不同的组织分布情况,结果显示,Or Ca M-Or Ca MKII-CREB1基因在各个组织均有表达,其中在神经节的相对表达量最高,其次在肠组织的相对表达量较高。而q RT-PCR检测Ca MKIV基因在组织中分布情况分析结果显示Ca MKIV基因在各个组织均有表达,其中在腹足的相对表达量最高,其次是背部皮肤、口器,而在神经组织、蛋白腺、肠、肝胰腺等脏器组织的相对表达量较低,初步推测这些基因可能参与瘤背石磺神经系统的可塑性调节。2.潮汐节律和昼夜节律对瘤背石磺Ca2+信号通路相关基因表达的影响栖息于潮间带的海洋动物长期暴露于涨潮和退潮的环境中,其行为和生理状态很大程度上受到太阳和月亮所引起的潮汐周期的影响。瘤背石磺暴露于潮汐周期运动的环境中,根据2019年5月15-20日的潮汐表,选择潮汐最低潮的样品,涨潮和退潮的取样点是在潮水在300 cm和350 cm之间,因为当潮水位于最高潮时瘤背石磺被潮水所淹没,无法取样。当潮水在300 cm和350 cm之间时,海水正好接触样品。根据每天的取样时间往后延迟大约60 min,连续6天取样。q RT-PCR检测Or Ca M-Or Ca MKII-CREB1基因在连续6天潮汐和昼夜环境下在神经节中表达分析,结果显示Or Ca M-Or Ca MKII-CREB1基因在夜晚最低潮时的表达量高于其他实验组（P<0.05）。Western blot检测第二天中Or Ca MKII蛋白在潮汐和昼夜环境下在神经节的定位分析,结果显示瘤背石磺暴露于最低潮时神经节Ca MKII蛋白的表达较高。我们猜测这些基因在潮汐和昼夜环境作用下的表达可能与受潮汐节律和昼夜节律的调节有关。3.潮汐低频声波频率对瘤背石磺Ca M-like、Ca MKII基因的表达及功能研究在实验室内模拟潮汐中低频声音刺激瘤背石磺,通过RACE-PCR技术克隆到Ca M-like基因的c DNA序列,并进行生物信息学分析和q RT-PCR实验。结果显示,瘤背石磺Ca M-like基因的c DNA全长2 321bp,618 bp的开放阅读框编码206氨基酸,具有一个Eh-hand结构域;预测该基因编码的多肽链的原子数量是3 165,分子量约为23 029.64 KDa,理论等电点4.64,分子式是C1018H1544N274O320S9。N端信号肽由29个氨基酸组成。氨基酸序列比对构建系统进化树,结果显示瘤背石磺Ca M-like基因与静水椎实螺、光滑双脐螺的Ca M-like基因的亲缘关系最接近,这与传统形态学的分类相吻合。q RT-PCR检测Ca M-like基因在不同组织的分布情况,结果显示Ca M-like m RNA在瘤背石磺不同组织均有表达,但神经节部位的表达量显着高于其它组织（P<0.05）,推测其可能参与神经系统的可塑性调节。荧光定量结果显示Ca M-like、Ca MKII基因分别在25 HZ和50 HZ低频声波频率12.4 h刺激下表达量较高,初步推测其能感知25 HZ-50 HZ声波频率。这可能与瘤背石磺栖息于潮间带中长期感知12.4 h潮汐周期节律,与潮汐节律有关。4.致病细菌对瘤背石磺新型C-型凝集素、血淋巴和超氧化物歧化酶/碱性磷酸酶活性的影响海洋环境中的细菌感染是一个严重的问题对维持海洋生态系统稳定性。然而,到目前为止,关于沿海生态系统中病原细菌的生物学影响的报道甚少。因此,我们研究了无壳贝类瘤背石磺抵抗病原性细菌感染的反应。这里的数据分析可以用作评估瘤背石磺固有免疫反应的基础信息。克隆了Or CTL c DNA的全长,其编码共192个氨基酸的1849个碱基对（bp）组成。构建氨基酸序列多重比对表明Or CTL具有保守的CTL碳水化合物识别结构域（CRD）,其中包含EPS（Glu-Pro-Ser）基序,可能揭示了其与他无脊椎动物一样对碳水化合物的有识别功能。Or CTL m RNAs主要表达于在神经节和肝胰腺等组织中;Or CTL m RNAs表达量在哈维氏弧菌感染后2 h后开始表达上调,在4 h迅速下降,在12 h明显增加。此外,用副溶血弧菌感染后,Or CTL基因表达从2 h开始略微上调,在12 h达到峰值。另外,我们研究了酶活性（在肝胰腺中）和细胞免疫（在血淋巴中）以及超氧化物歧化酶（SOD）活性,碱性磷酸酶（ALP）活性和细胞周期。哈维氏弧菌和副溶血弧菌感染后,SOD活性分别显着高于对照组。相反,用细菌感染后,ALP活性分别比对照组明显受到抑制。肝胰腺中的酶活性波动明显,并且细菌对ALP活性更敏感。血淋巴细胞周期结果显示,在细菌感染后,血淋巴中S和G2/M期的细胞百分比明显较高。我们的研究结果表明,病原菌可以激活瘤背石磺的免疫反应,这将为研究水生动物在疾病预防中提供参考依据。
史艳梅[5]（2018）在《两种石磺背部皮肤蛋白质组及细胞凋亡相关基因表达差异分析》文中认为国际上对石磺科贝类的系统分类研究开始较早,国内对石磺的研究已从形态分类研究扩展到系统进化及资源利用等方面。角质层位于皮肤的表面,是生物防御外界物理伤害和化学伤害的重要屏障。本研究选取有代表性的以陆栖为主的瘤背石磺和以水栖为主的里氏拟石磺的背部皮肤为研究对象,对皮肤为适应环境表现出蛋白质层面的差异做进一步探索;通过对两种石磺背部组织染色观察和蛋白质组测定分析,得到两种背部皮肤组织结构差异明显的石磺在蛋白层面的差异、相关蛋白筛选与功能验证及基因表达分析结果:（1）两栖性生物皮肤对自身生存和适应栖息地的环境变化起着无可替代的作用,从两种石磺背部皮肤组织切片的TUNEL染色观察到瘤背石磺背部凋亡信号多于里氏拟石磺,且凋亡信号多集中分布靠近表皮部位,背部乳头状突起,凋亡信号明显。推测里氏拟石磺明显的蜕皮现象要求不断有新的细胞生成,瘤背石磺背部皮肤虽不蜕皮但同样有细胞分裂分化现象,从而机体为了维持体内细胞平衡状态,诱导大量细胞凋亡信号的发生。（2）采用Label-free非标定量研究方法,对瘤背石磺和里氏拟石磺背部皮肤组织进行蛋白质组学鉴定及分析,鉴定得到较多的是胶原家族蛋白,说明石磺科贝类有较高的营养价值,经济价值潜力突出;差异分析得出两种石磺嘌呤代谢通路有较多的差异表达同源序列。定量分析显示,两种石磺背部皮肤差异同源蛋白种类和数量均较多,差异同源蛋白与其不同性状联系紧密,同时参与多种通路的分子调控中。差异蛋白中维生素C和富含血红素的白蛋白在里氏拟石磺背部皮肤中高表达,这类蛋白在里氏拟石磺背部皮肤的呼吸作用和渗透压调节等功能中发挥重要作用。其中差异同源蛋白多富集在糖酵解/糖质新生和丙酮酸代谢通路,糖酵解/糖质新生通路存在较多差异同源序列,表明两种石磺背部组织能量代谢过程存在差异,数据分析显示糖酵解/糖质新生过程关键酶己糖激酶在里氏拟石磺中高表达,能够保证充分的能量供应、促进细胞增殖,可知里氏拟石磺背部皮肤糖酵解能力较强,与蜕皮（角质膜更换）频繁,需要较多的能量支持和较快的细胞增殖现象相关。瘤背石磺背部皮肤角质化程度较高,脂质基质的主要成分神经酰胺类物质在瘤背石磺中高表达,神经酰胺是各种细胞因子和生长因子信号通路重要的第二信使,并且在皮肤渗透压调节通路中发挥重要作用,对皮肤保湿有重要贡献,是瘤背石磺适应陆栖生活的一个重要体现。在细胞凋亡功能富集中发现,与促进细胞增殖、抑制细胞凋亡相关的蛋白在里氏拟石磺背部皮肤中高表达,与TUNEL染色法观察到里氏拟石磺背部组织凋亡信号较弱现象吻合。两种石磺背部嘌呤代谢通路存在较多的差异同源序列,在动物从水生到陆生的进化过程中,尿素酶基因在陆生动物中完全消失,或蛋白失去活性;两种石磺的转录组和蛋白质组差异分析显示,尿素酶基因和蛋白在瘤背石磺中高表达,前期实验证明里氏拟石磺分泌的粘液中尿素含量远高于瘤背石磺,说明瘤背石磺在嘌呤代谢通路产生的尿素大部分被尿素酶分解,更偏向于水栖生物的特征,属于特殊物种,推测是与受到外界刺激时瘤背石磺以分泌粘液和散发出刺激性氨气为主,而里氏拟石磺以喷射粘液为主的现象相关。（3）采用RACE方法,首次于瘤背石磺中得到Os-PAK2、Os-14-3-3序列全长,在里氏拟石磺中得到Pr-14-3-3序列全长。Os-PAK2氨基酸位置29-64是典型的PBD（P21结合位点）,位置222-473是丝氨酸/苏氨酸结构,具有自我磷酸化调控作用,是调节PAK活性的主要部位。荧光定量分析显示,瘤背石磺PAK2背部组织的表达量在mRNA和蛋白质水平均高于里氏拟石磺,结合TUNEL染色结果,推测瘤背石磺背部皮肤组织中Os-PAK2促进凋亡的作用更加明显。瘤背石磺各组织中Os-14-3-3的qRT-PCR定量分析显示,在肠道和神经组织中表达量远高于里氏拟石磺,推测瘤背石磺适应陆栖生活的条件下肠道和神经组织活跃度降低,组织细胞更新速率比里氏拟石磺慢。Pr-14-3-3在里氏拟石磺的背部和腹足组织表达量高于瘤背石磺,推测里氏拟石磺背部组织的细胞不断增殖分化,且细胞凋亡信号受到抑制,以保证在角质膜频繁更换的同时不断有新的细胞补充。瘤背石磺和里氏拟石磺在长期的系统进化过程中各自形成了背部皮肤对环境的适应,本研究对两种石磺背部皮肤的差异蛋白和两栖适应性有了更深入的了解,为全面分析两个近缘物种的环境适应性提供了蛋白组学的基础数据及部分候选蛋白,为深入研究石磺科贝类的趋异进化提供了有力参考。
刘杰,黄金田[6]（2018）在《瘤背石磺产卵规律与天文潮汐关系》文中研究说明为了开展瘤背石磺人工增养殖技术以满足日益增长的市场需求,弄清瘤背石磺的产卵规律是至关重要的。该实验比较三年来瘤背石磺产卵规律趋势,以及潮汐潮高与产卵周期关系,从2013年至2015年,在每年的7月到9月间连续购进同地区的野生瘤背石磺,选取同等规格的瘤背石磺暂养后记录每批瘤背石磺产卵情况,并与潮汐规律以及潮位高度相比较。结果显示:按农历计算,瘤背石磺在每个月的小潮（初七、二十三）前后集中大量产卵,维持67 d,在大潮（初一、十五）来临之前一至两天结束产卵,趁大潮时的潮水运动将已出膜的幼体带入海洋。在海水中经过15 d左右的发育,待瘤背石磺发育至大面盘幼虫期时再随下一次大潮回到滩涂。根据结果可以得出以下结论:（1）瘤背石磺的产卵规律与天文潮汐相关,呈现出伴随着小潮出现一次产卵高峰,并且会在开始产卵后的两至三天内出现峰值;（2）理论上说,从小潮到下一个小潮为14 d 19 h55 min,实际上,由于潮汐的迟滞性等原因,瘤背石磺的产卵周期为14 d 21 h 20 min。
管菊[7]（2014）在《石磺科贝类营养价值评价、重金属净化及呼吸机制的初步研究》文中认为石磺隶属于软体动物门（Mollusca）、腹足纲（Gastropoda）、肺螺亚纲（Pulmonata），石磺总科（Onchidioidea）、石磺科（Onchidiidae），为裸露无壳、具有肺的贝类，主要栖息于海洋沿岸，是水生和陆生的过渡带物种。石磺具有较高营养价值和经济价值，并且其呼吸机制在生物从海洋向陆地进化方面也有着重要的研究价值。为进一步了解石磺科贝类的食品安全以及呼吸机制，本实验就石磺科贝类的营养成分及其价值评价、重金属超标情况及其净化以及耗氧率进行了初步研究。主要研究结果如下：（1）2012年4月至5月，采集里氏拟石磺（Paraoncidium reevesii）、平疣桑椹石磺（Platevindex mortoni）和紫色疣石磺（Peronia verruculata）样品（广东湛江）以及瘤背石磺（Onchidium struma）样品（上海崇明），经活体解剖取四种石磺肌肉组织，对其进行水分、灰分、粗脂肪、粗蛋白、总糖、氨基酸、矿质元素的测定。结果表明：四种石磺均是高蛋白低脂肪、富含水分及矿物质元素的贝类，且瘤背石磺的总糖含量显着高于另外三种石磺。四种石磺肌肉组织蛋白质含量高，蛋白质氨基酸组成全面、呈味氨基酸含量高、必需氨基酸含量符合FAO/WHO理想模式，必需氨基酸组成比例适宜，属于优质蛋白质。四种石磺肌肉组织中矿质元素的含量较丰富，尤其是Ca、Mg含量特别高。说明四种石磺具有较高的营养价值，可作为特色海鲜或高档滋补品。（2）通过底泥添加木鱼石土（富含锌、硒等）、饲料添加蛋白核小球藻粉以及维生素C对瘤背石磺体内Cd和Cu进行生物净化，探究不同实验组对瘤背石磺体内Cd和Cu的净化效果。结果表明，对照组单纯用玉米粉暂养对瘤背石磺重金属的排出有一定的效果，但远远低于试验组在底泥中添加木鱼石土、在饲料中添加蛋白核小球藻粉及维生素C的效果。在瘤背石磺产品生产过程中，通过在底泥中添加木鱼石土、在饲料中添加蛋白核小球藻粉及维生素C能高效的降低其体内重金属镉和铜的含量，达到可食用的目的，保证食品安全。（3）试验在温度22℃，盐度30条件下的密闭容器内进行，溶氧量采用Winkler碘量法测定。分别对不同规格四种石磺：瘤背石磺（Onchidium struma）、平疣桑椹石磺（Platevindex mortoni）、里氏拟石磺（Paraoncidium reevesii）、紫色疣石磺（Peronia verruculata）的水下呼吸耗氧率进行了测定。结果表明：四种石磺单位体重的表皮呼吸耗氧率均随体重的增加而降低；在相同条件下，四种石磺耗氧率的比较发现，紫色疣石磺、瘤背石磺以及平疣桑椹石磺在3h时，耗氧率降到最低，分别为（0.126±0.014）mg/（g·h）、（0.111±0.011）mg/（g·h）、（0.081±0.006）mg/（g·h），里氏拟石磺在4h时降到最低，为（0.098±0.015）mg/（g·h）；紫色疣石磺的耗氧率在各时间段均明显高于其他三种石磺，其次为瘤背石磺、里氏拟石磺、平疣桑椹石磺；石磺在水下时用表皮呼吸，且紫色疣石磺的树枝状鳃也参与了呼吸。
钱静[8]（2014）在《平疣桑椹石磺生殖系统研究及其与里氏拟石磺的胚胎发育比较》文中研究说明石磺科贝类均为雌雄同体，有自由生活的面盘幼虫，是肺螺亚纲的特例贝类，介于海洋与陆地。本文研究了平疣桑椹石磺生殖系统及其精子发生的形态和成熟精子的超微结构，探讨了石磺科贝类的授精机制，并比较了三种石磺胚胎发育的差异。解剖并观察了平疣桑椹石磺（Platevindex mortoni）的生殖系统，其生殖系统包括雌雄同体生殖部分和雄性生殖部分，雌雄同体生殖部分由两性腺、支囊、蛋白腺、两性输送管、黏液腺、受精囊和阴道组成，位于身体中后方体腔内；雄性生殖部分包括输精管、刺激器、阴茎、阴茎鞘和阴茎牵引肌，位于身体前端右侧体腔内，输精管非常细，一端连接阴茎，另一端伸入于雄性生殖孔附近的肌肉内。对比发现其雄性生殖部分与瘤背石磺（Onchidium struma）雄性生殖部分有明显差异，瘤背石磺阴茎为螺旋状，阴茎上倒刺细长，有雄性附属腺而平疣桑椹石磺阴茎为直线状，阴茎上倒刺粗短，无雄性附属腺。解剖未交配的平疣桑椹石磺性成熟个体，发现其支囊内充满细长精子，而受精囊内无精子；解剖交配后的充当雌性个体的石磺，发现其支囊内均为细长的自体精子，而受精囊内有大量活力较强的粗短精子，表明支囊为自体精子的存储场所而受精囊为异体精子存储场所。解剖镜下深入研究平疣桑椹石磺的生殖输送管，弄清了石磺交配时精子的具体运输途径：两性腺内精子成熟后由两性输送管运输到支囊内，待石磺交配时，充当雄性个体的支囊内精子进入输精管，输精管从雌性生殖孔附近进入肌肉组织，另一端由雄性生殖孔附近伸入体腔，连接阴茎。精子由阴茎输送至对方的阴道，进入受精囊内，待卵细胞成熟后于受精囊内完成受精。实验中观察到交配中客体的精子在支囊内为细长状，而交配后到达受体受精囊内却变成粗短的棒状，未能准确地观察到精子在运输过程中的变态过程，无法确定是在输精管中开始变态还是进入受体的阴道后开始变态，其具体变态过程仍需更深入的研究。通过透射电镜观察了平疣桑椹石磺精子的超微结构。平疣桑椹石磺成熟精子属于进化型，分为头部和尾部，头部由顶体和精核构成，尾部由中段和末段组成。顶体略呈细奶嘴状，内含物分布均匀。顶体基部与精核前端紧密相连，无间隙。核质高度浓缩，无核泡，纵切似辣椒状，核后部有一内凹形结构，为核后窝。中段结构较为复杂，线粒体螺旋化，形成线粒体鞘，螺旋状包围在轴丝外层。精子末段由轴丝及包绕轴丝的质膜组成，轴丝为典型的“9+2”结构。比较了平疣桑椹石磺精子与相关腹足类精子结构的异同，特别是与瘤背石磺精子结构的差异。平疣桑椹石磺与瘤背石磺精子中段和末段较为相似，但头部差异明显。瘤背石磺顶体0.8μm，与核前端有间隙，精核4.2μm，前端较窄约0.29μm，后端较宽约0.96μm；而平疣桑葚石磺顶体0.7μm，与核前端无间隙，精核长约3.8μm，前后端直径相差不大，前端稍窄，宽度约为0.8μm，后端宽约1.2μm。瘤背石磺精子顶体呈典型奶嘴状，顶体囊内电子密度稍低于顶体构架体；平疣桑椹石磺精子顶体呈细奶嘴状，顶体囊与顶体构架体内电子密度无明显差异。两种石磺精子间最明显的区别是瘤背石磺精核存在一些大小不等的核泡，而平疣桑椹石磺精核电子密度高，未发现核泡的存在。证实了顶体的有无及其形态、精核的长短与外形及核泡的有无等差异均可作为区别不同种贝类的可靠依据。实验室内对里氏拟石磺（Paraoncidium reevesii）和平疣桑椹石磺的产卵习性及受精卵的发育过程进行了详细观察，比较了两种石磺受精卵生物学数据之间的差异。结果表明，平疣桑椹石磺受精卵的平均长径和短径均大于里氏拟石磺，但是卵黄径和卵膜厚度却小于里氏拟石磺，两种石磺受精卵各生物学数据之间差异极显着（P<0.05）。分别记录两种石磺各个发育阶段的胚胎大小和孵化所需时间，观察各期胚胎发育特征，并与瘤背石磺胚胎发育做比较。发现不同种石磺胚胎发育各期的主要形态结构并无明显区别，但是发育各期胚胎大小及孵化所需时间均有较大差异。在平均水温28℃，静水微充气，平均盐度15的条件下，平疣桑椹石磺、里氏拟石磺和瘤背石磺的受精卵从产出到孵化分别需要210h，253h，和270h；死亡时间分别为产卵后的第25d，22d和24d。面盘幼虫孵化后，继续发育至匍匐期便开始大量死亡，实验室内无法完成幼虫的变态过程，相关变态条件与变态过程仍有待更深入的研究。
孙变娜,沈和定,吴洪喜,刘宸[9]（2013）在《石磺营养价值、活性物质的研究现状及开发前景》文中指出本文分析了石磺科贝类的资源利用状况、营养价值、功效成分以及保健功能,系统地综述了其黏液、肉体及卵群中的生物活性物质研究现状,简述了瘤背石磺产品的开发现状,展望了瘤背石磺这一海洋生物资源诱人的研发前景。通过石磺资源的增殖保护、高值化开发,实现石磺资源的可持续利用,将产生良好的社会效益和经济效益。
沈永龙,黄金田,戈贤平,王爱民,吕富,刘成[10]（2013）在《瘤背石磺对9种常规饲料原料中营养物质的表观消化率》文中进行了进一步梳理以0.5%的三氧化二铬（Cr2O3）为外源指示剂,由70%基础饲料（螺旋藻）和30%试验原料组成试验日粮,研究瘤背石磺（Onchidium struma）对鱼粉、肉骨粉、豆粕、玉米蛋白粉、棉籽蛋白粉、菜粕、棉籽粕、小麦粉和玉米粉9种饲料原料的干物质、粗蛋白、粗脂肪、粗纤维、氨基酸、钙及总磷的表观消化率。试验选用初均重（16.82±2.14）g的瘤背石磺2 400只,随机分成10组,每组3个重复,每个重复40只,且以饲喂螺旋藻粉组为对照组。结果显示,9种饲料原料的干物质、粗蛋白、粗脂肪、粗纤维、总氨基酸、必需氨基酸、钙和总磷的表观消化率的范围分别为33.24%～55.29%、27.30%～79.35%、36.91%～69.81%、34.89%～65.04%、25.35%～75.78%、21.54%～72.57%、44.98%～74.64%和10.42%～32.15%。在7种蛋白饲料中,以玉米蛋白粉的各项营养物质的表观消化率较高,棉籽蛋白粉和棉粕次之;在两种能量饲料中,以玉米粉的各项营养成分的表观消化率较高,但低于玉米蛋白粉。由此可见,玉米蛋白粉可作为瘤背石磺优质饲料原料来替代或部分替代螺旋藻;同时,玉米粉和棉籽蛋白粉也可以作为重要的饲料原料合理搭配、适量使用。
二、石磺的生物学特性及其增养殖前景分析（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、石磺的生物学特性及其增养殖前景分析（论文提纲范文）
（1）瘤背石磺低频听力基因的克隆验证及其潮汐感知能力的初步探究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 引言 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 瘤背石磺简介 |
| 1.1.1 瘤背石磺简述 |
| 1.1.2 瘤背石磺神经节分析 |
| 1.1.3 国内外瘤背石磺研究进展 |
| 1.2 低频听力基因的概述 |
| 1.2.1 WFS1基因概述及其研究进展 |
| 1.2.2 PMCA2基因概述及其研究进展 |
| 1.3 潮汐和海洋低频声音 |
| 第二章 瘤背石磺OnWSF1和OnPMCA2基因的克隆及其验证 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 实验方法 |
| 2.2 结果 |
| 2.2.1 瘤背石磺OnWFS1和OnPMCA2基因序列分析 |
| 2.2.2 瘤背石磺OnWFS1和OnPMCA2基因预测蛋白质理化性质分析 |
| 2.2.3 瘤背石磺OnWFS1和OnPMCA2基因蛋白跨膜区域预测 |
| 2.2.4 瘤背石磺OnWFS1和OnPMCA2的同源性比较和系统进化树 |
| 2.2.5 瘤背石磺各组织OnWFS1和OnPMCA2基因的表达量 |
| 2.3 讨论 |
| 第三章 不同组瘤背石磺神经组织OnWFS1和OnPMCA2基因的多时空定量分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.2 实验方法 |
| 3.2 结果 |
| 3.2.1 低频发声干扰下瘤背石磺神经组织OnWFS1和OnPMCA2基因的定量分析 |
| 3.2.2 潮汐干扰下瘤背石磺神经组织OnWFS1和OnPMCA2基因的定量分析 |
| 3.3 讨论 |
| 第四章 瘤背石磺神经组织OnWFS1和OnPMCA2基因的原位杂交分析 |
| 4.1 材料和方法 |
| 4.1.1 实验材料 |
| 4.1.2 原位杂交实验方法 |
| 4.2 结果 |
| 4.3 讨论 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
（2）瘤背石磺潮汐感知的分子机制探究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 引言 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 生物节律性简介 |
| 1.1.1 昼夜节律的研究进展 |
| 1.1.2 潮汐节律的研究进展 |
| 1.1.3 月节律的简介 |
| 1.2 高通量测序技术的发展和应用 |
| 1.2.1 二代测序技术 |
| 1.2.2 三代测序技术 |
| 1.3 常见节律性基因概述 |
| 1.3.1 CLK/BMAL环路模型 |
| 1.3.2 PER/TIM环路模型 |
| 1.4 缺氧诱导因子1信号通路 |
| 1.5 神经感知和传导类基因 |
| 1.5.1 G蛋白偶联受体 |
| 1.5.2 配体门控离子通道 |
| 第二章 瘤背石磺不同潮汐时间段的高通量测序分析 |
| 2.1 实验材料与方法 |
| 2.1.1 实验材料瘤背石磺获取 |
| 2.1.2 实验方法 |
| 2.1.3 生物信息学分析 |
| 2.2 结果 |
| 2.2.1 瘤背石磺神经环组织总RNA的质量检测 |
| 2.2.2 PacBio测序结果分析 |
| 2.2.3 RNA-seq测序结果分析 |
| 2.3 讨论 |
| 第三章 瘤背石磺节律性基因探讨和定量分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.2 实验方法 |
| 3.2 结果 |
| 3.2.1 序列分析 |
| 3.2.2 瘤背石磺Or TIM1和Or TIM2 的同源性比较和系统进化树 |
| 3.2.3 节律基因在瘤背石磺不同潮汐时刻的表达分析 |
| 3.3 讨论 |
| 第四章 瘤背石磺低氧诱导性基因分析 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 实验材料 |
| 4.1.2 实验方法 |
| 4.2 结果 |
| 4.2.1 序列分析 |
| 4.2.2 瘤背石磺OrHIF1a和OrFIH1 的同源性比较和系统进化树 |
| 4.2.3 OrHIF1a和OrFIH1 基因在瘤背石磺不同潮汐时刻的表达分析 |
| 4.3 讨论 |
| 第五章 瘤背石磺低频感知类基因探究 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 实验材料 |
| 5.1.2 实验方法 |
| 5.2 结果 |
| 5.2.1 序列分析 |
| 5.2.2 瘤背石磺OrPLC和 OrCALMβ的同源性比较和系统进化树 |
| 5.2.3 OrPLC和 OrCALMβ基因在瘤背石磺中不同声波频率刺激下的表达分析 |
| 5.3 讨论 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
（3）瘤背石磺代谢蛋白PAK2基因的克隆、相对表达量及进化分析（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 仪器与试剂 |
| 1.2 RNA提取与c DNA合成 |
| 1.3 PAK2基因克隆 |
| 1.4 序列分析 |
| 1.5 荧光定量PCR检测 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 PAK2基因的c DNA序列分析 |
| 2.2 瘤背石磺PAK2基因所编码氨基酸序列的同源性分析 |
| 2.3 不同组织中PAK2基因的表达分析 |
| 3 讨论 |
（4）瘤背石磺Ca2+信号通路相关基因对感知潮汐节律的初步研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 引言 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 石磺简介 |
| 1.1.1 瘤背石磺 |
| 1.1.2 瘤背石磺的神经节 |
| 1.2 海洋动物的节律性 |
| 1.2.1 昼夜节律 |
| 1.2.2 摄食节律 |
| 1.2.3 潮汐节律 |
| 1.3 神经可塑性调节相关基因的研究 |
| 1.4 潮汐低频声波的研究 |
| 第二章 瘤背石磺钙/钙调蛋白依赖性蛋白激酶Ⅱ和 Ⅳ(Ca MKⅡ、Ca MKⅣ)基因的克隆及组织表达 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 材料 |
| 2.1.1.1 实验动物 |
| 2.1.1.2 实验仪器 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 RNA的提取和c DNA克隆 |
| 2.2.2 序列分析 |
| 2.2.3 实时荧光定量PCR检测Ca MKⅡ、Ca MKⅣ基因在不同组织的表达分布 |
| 2.3 实验结果 |
| 2.3.1 神经节中总RNA的提取 |
| 2.3.2 Ca MKⅡ和 Ca MKⅣ c DNA的全长序列 |
| 2.3.3 Ca MKⅡ和 Ca MKⅣ的结构特征 |
| 2.3.4 Ca MKⅡ和 Ca MKⅣ基因同源性分析 |
| 2.3.5 瘤背石磺不同组织间Ca MKⅡ和 Ca MKⅣ m RNA的分布 |
| 2.4 讨论 |
| 第三章 潮汐节律和昼夜节律对瘤背石磺Ca2+信号通路相关基因表达的影响 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 实验材料与试剂 |
| 3.1.2 仪器设备 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.2.1 Ca MKⅡ ORF基因扩增 |
| 3.2.2 目的片段的构建与表达 |
| 3.2.3 重组蛋白纯化和浓度测定 |
| 3.2.4 多克隆抗体的制备 |
| 3.2.5 q RT-PCR检测瘤背石磺在潮汐和昼夜节律刺激下神经节中Or Ca M、Or Ca MKⅡ、Or CREB1 m RNA表达 |
| 3.2.6 瘤背石磺在潮汐刺激下神经节中的总蛋白提取 |
| 3.2.7 抗体的特异性检测 |
| 3.3 实验结果 |
| 3.3.1 扩增Ca MKⅡ基因 |
| 3.3.2 瘤背石磺神经节中Or Ca M、Or Ca MKⅡ、Or CREB1 m RNA在潮汐和昼夜刺激的表达 |
| 3.3.3 重组蛋白p ET-28a~+-Or Ca MKⅡ的诱导表达 |
| 3.3.4 多克隆抗体的提取和特异性分析 |
| 3.4 讨论 |
| 第四章 低频声波频率对瘤背石磺Ca M-like、Ca MKⅡ基因的表达及功能研究 |
| 4.1 材料 |
| 4.1.1 实验材料 |
| 4.2 实验方法 |
| 4.2.1 总RNA的提取和c DNA克隆 |
| 4.2.2 Ca M-like基因c DNA全长的克隆 |
| 4.2.3 序列信息分析 |
| 4.2.4 实时荧光定量PCR检测Ca M-like基因在瘤背石磺不同组织的分布 |
| 4.2.5 瘤背石磺在不同频率的声波刺激下,不同时间点Ca M-like基因在神经节的相对表达量 |
| 4.2.6 瘤背石磺在不同声波频率刺激下,Ca MKⅡ基因在神经节的相对表达量 |
| 4.2.7 数据处理与分析 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 Ca M-like c DNA的全长序列 |
| 4.3.2 Ca M-like m RNA在不同组织的相对表达量分析 |
| 4.3.3 q RT-PCR检测Ca M-like基因在神经节中不同声波频率刺激下不同时间点的表达量 |
| 4.3.4 q RT-PCR检测Ca MKⅡ基因在神经节中不同声波频率刺激下12.4 h的表达量 |
| 4.4 讨论 |
| 总结论 |
| 第五章 致病细菌对瘤背石磺新C-型凝集素、血细胞和超氧化物歧化酶/碱性磷酸酶活性的影响 |
| 5.1 材料 |
| 5.1.1 实验材料 |
| 5.2 实验方法 |
| 5.2.1 Or CTL基因c DNA全长的克隆 |
| 5.2.2 序列信息分析 |
| 5.2.3 实时荧光定量PCR检测Or CTL基因在瘤背石磺不同组织的分布 |
| 5.2.4 实时荧光定量PCR检测细菌感染后Or CTL m RNA基因在瘤背石磺肝胰腺中的表达 |
| 5.2.5 细菌感染瘤背石磺后,肝胰腺中酶活性的检测 |
| 5.2.6 细菌感染瘤背石磺后,血淋巴细胞周期的检测 |
| 5.3 结果与分析 |
| 5.3.1 OrCTL的序列分析和特征 |
| 5.3.2 CTL的同源性和系统发育分析 |
| 5.3.3 Or CTL m RNA在不同组织中分布 |
| 5.3.4 细菌感染后,肝胰腺中Or CTL m RNA的表达水平 |
| 5.3.5 细菌感染对肝胰腺中酶活性的影响 |
| 5.3.6 细菌感染对血淋巴细胞周期的影响 |
| 5.4 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 硕士期间论文发表情况 |
| 硕士期间参加的学术会议: |
| 致谢 |
（5）两种石磺背部皮肤蛋白质组及细胞凋亡相关基因表达差异分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 引言 |
| 第一章 文献综述 |
| 1 石磺科贝类研究进展 |
| 2 瘤背石磺、里氏拟石磺简介 |
| 3 蛋白质组测序技术研究进展 |
| 3.1 蛋白质组学概述 |
| 3.2 蛋白质组研究技术 |
| 3.3 蛋白质组学在贝类研究中的应用 |
| 4 两栖性生物皮肤相关研究 |
| 5 石磺科贝类皮肤相关研究 |
| 6 本研究的意义和主要内容 |
| 第二章 石蜡切片检测两种石磺背部皮肤细胞凋亡情况 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验样品采集 |
| 1.2 实验方法 |
| 1.2.1 组织切片制作 |
| 1.2.2 HE染色和TUNEL染色 |
| 1.2.3 组织观察 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 HE染色组织切片观察 |
| 2.2 TUNEL染色组织切片观察 |
| 3 讨论 |
| 第三章 瘤背石磺和里氏拟石磺背部皮肤蛋白质组分析及差异分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 主要试剂和仪器 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 两种石磺的采集 |
| 1.2.2 蛋白提取 |
| 1.2.3 Bradford蛋白定量 |
| 1.2.4 两种石磺背部皮肤的SDS-PAGE电泳 |
| 1.2.5 Trypsin酶解 |
| 1.2.6 毛细血管高效液相色谱 |
| 1.2.7 两种石磺背部皮肤总蛋白质谱鉴定及定性定量分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 SDS-PAGE电泳分析 |
| 2.2 里氏拟石磺和瘤背石磺的蛋白质质谱鉴定 |
| 2.3 SYM-1、SYM-2、SYM-3和SYM-4、SYM-5、SYM-6的生物学重复分析 |
| 2.4 对两种石磺总体蛋白进行GO注释分析 |
| 2.5 同源蛋白差异分析 |
| 2.5.1 瘤背石磺和里氏拟石磺同源序列比例的分布情况 |
| 2.5.2 两种石磺差异蛋白表达谱 |
| 2.5.3 对表达量差异的同源蛋白进行KEGG分析 |
| 2.6 两种石磺与环境适应性相关蛋白差异分析 |
| 2.7 两种石磺蜕皮相关蛋白的分析 |
| 2.8 与细胞分化和凋亡相关蛋白分析 |
| 3 讨论 |
| 第四章 丝氨酸苏氨酸蛋白激酶PAK2和14-3-3基因克隆及组织表达分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 样品来源 |
| 1.2 主要试剂和仪器 |
| 2 方法 |
| 2.1 RNA提取和cDNA合成 |
| 2.2 丝氨酸苏氨酸蛋白激酶PAK2和14-3-3基因克隆 |
| 2.3 序列分析 |
| 2.4 PAK2和14-3-3基因在两种石磺中各组织定量分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 PAK2和14-3-3基因全长和蛋白结构预测 |
| 3.1.1 PAK2在瘤背石磺中的全长序列Os-PAK2 |
| 3.1.2 14-3-3在瘤背石磺中的全长序列Os-14-3-3和在里氏拟石磺中的全长Pr-14-3-3 |
| 3.2 Os-PAK2、Os-14-3-3和Pr-14-3-3荧光定量结果 |
| 3.2.1 Os-PAK2在瘤背石磺各组织中的定量结果及PAK2在里氏拟石磺各组织中定量结果 |
| 3.2.2 Os-14-3-3和Pr-14-3-3在各组织中的表达量检测 |
| 4 讨论 |
| 结论与展望 |
| 1 结论 |
| 2 展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
（6）瘤背石磺产卵规律与天文潮汐关系（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验动物 |
| 1.2 实验设计与饲养管理 |
| 1.3 数据处理与分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 瘤背石磺产卵量与潮高的关系 |
| 2.2 瘤背石磺的产卵规律 |
| 3 讨论 |
| 3.1 潮汐运动与生物行为间的关系 |
（7）石磺科贝类营养价值评价、重金属净化及呼吸机制的初步研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 引言 |
| 1.1 贝类营养价值 |
| 1.2 贝类重金属污染及危害 |
| 1.3 贝类重金属净化 |
| 1.3.1 传统方法 |
| 1.3.2 最新研究进展 |
| 1.4 贝类耗氧率的研究 |
| 1.5 本课题的研究目的和意义 |
| 第二章 四种石磺营养成分分析及价值评价 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 材料与仪器 |
| 2.1.2 实验方法 |
| 2.1.3 营养价值评价 |
| 2.1.4 数据处理 |
| 2.2 结果与讨论 |
| 2.2.1 肌肉指数比较 |
| 2.2.2 一般营养成分 |
| 2.2.3 氨基酸组成与含量 |
| 2.2.4 必需氨基酸营养评价 |
| 2.2.5 矿质元素含量 |
| 2.3 结论 |
| 第三章 瘤背石磺体内重金属 Cd 和 Cu 的净化研究 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.2 实验方法 |
| 3.1.3 重金属净化效果的表征 |
| 3.1.4 数据处理 |
| 3.2 实验结果 |
| 3.2.1 不同暂养组中瘤背石磺体内 Cu 的净化效果 |
| 3.2.2 不同暂养组中瘤背石磺体内 Cd 的净化效果 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 底泥添加木鱼石土对瘤背石磺的 Cu、Cd 含量的影响 |
| 3.3.2 饲料添加蛋白核小球藻粉对瘤背石磺的 Cu、Cd 含量的影响 |
| 3.3.3 饲料添加维生素 C 对瘤背石磺的 Cu、Cd 含量的影响 |
| 3.3.4 重金属排出速率 K 值在实践中的作用 |
| 3.4 结论 |
| 第四章 四种石磺水中呼吸耗氧初步研究 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 试验材料 |
| 4.1.2 试验方法 |
| 4.1.3 计算方法 |
| 4.1.4 数据处理 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 时间对四种石磺耗氧率的影响 |
| 4.2.2 四种石磺耗氧率的比较 |
| 4.3 讨论 |
| 结论 |
| 研究工作小结 |
| 后续研究工作的展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
（8）平疣桑椹石磺生殖系统研究及其与里氏拟石磺的胚胎发育比较（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 引言 |
| 1 国外对石磺科贝类的研究工作 |
| 2 国内对石磺科贝类的研究工作 |
| 3 石磺科贝类繁殖生物学的主要研究成果及存在问题 |
| 4 本实验的目的、内容及意义 |
| 第一章 平疣桑椹石磺生殖系统结构及精子运输途径研究 |
| 1 材料和方法 |
| 1.1 实验材料的采集与暂养 |
| 1.2 生殖系统结构及自体精子存储位置研究 |
| 1.3 精子运输途径及异体精子存储位置研究 |
| 2 结果 |
| 2.1 平疣桑椹石磺生殖系统的组成 |
| 2.1.1 雌雄同体生殖部分 |
| 2.1.2 雄性生殖部分 |
| 2.2 精子存储位置研究 |
| 2.3 精子运输途径研究 |
| 3 讨论 |
| 3.1 平疣桑椹石磺生殖系统与瘤背石磺生殖系统的差异 |
| 3.2 雌雄生殖细胞发育场所 |
| 3.3 自体精子存储位置 |
| 3.4 交配过程中精子的运输途径 |
| 第二章 平疣桑椹石磺精子超微结构 |
| 1 材料和方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 实验方法 |
| 1.2.1 光镜标本制作 |
| 1.2.2 透射电镜标本制作 |
| 2 结果 |
| 2.1 光镜的观察 |
| 2.2 透射电镜的观察 |
| 2.2.1 头部 |
| 2.2.2 中段 |
| 2.2.3 末段 |
| 3 讨论 |
| 3.1 腹足纲贝类精子超微结构的比较及其在物种鉴别和生殖进化方面的意义 |
| 3.2 同科不同种贝类精子结构差异比较 |
| 第三章 两种石磺胚胎发育比较 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验样本采集与暂养 |
| 1.2 实验方法 |
| 1.2.1 受精卵的培养 |
| 1.2.2 观察与测量 |
| 1.3 数据统计与分析 |
| 2 实验结果 |
| 2.1 产卵时间及受精卵形态 |
| 2.2 发育各期所需时间及胚胎大小 |
| 2.2.1 受精卵 |
| 2.2.2 卵裂期 |
| 2.2.3 囊胚期 |
| 2.2.4 原肠期 |
| 2.2.5 膜内担轮幼虫期 |
| 2.2.6 膜内面盘幼虫 |
| 2.2.7 孵化期 |
| 3 讨论 |
| 3.1 不同种石磺受精卵差异 |
| 3.2 不同种石磺胚胎孵化所需时间差异 |
| 3.3 石磺幼虫变态机制研究意义 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
（9）石磺营养价值、活性物质的研究现状及开发前景（论文提纲范文）
| 1 石磺资源的利用现状 |
| 2 石磺营养成分分析和食用价值评价 |
| 3 石磺主要功效成分与保健功能 |
| 4 石磺体内生物活性物质研究现状 |
| 5 石磺产业开发前景展望 |
| 5.1 难得的历史发展机遇期 |
| 5.2 贝类入药的历史悠久 |
| 5.3 生物产业发展规划和海洋强国政策的有力支持 |
| 5.4 前期基础研究为石磺产业化开发奠定了良好基础 |
| 5.5 产业开发着力点 |
四、石磺的生物学特性及其增养殖前景分析（论文参考文献）
- [1]瘤背石磺低频听力基因的克隆验证及其潮汐感知能力的初步探究[D]. 黄笑含. 上海海洋大学, 2020(02)
- [2]瘤背石磺潮汐感知的分子机制探究[D]. 杨铁柱. 上海海洋大学, 2020(01)
- [3]瘤背石磺代谢蛋白PAK2基因的克隆、相对表达量及进化分析[J]. 史艳梅,黄笑含,杨铁柱,沈和定,许国绿,顾冰宁. 安徽农业大学学报, 2020(02)
- [4]瘤背石磺Ca2+信号通路相关基因对感知潮汐节律的初步研究[D]. 梁威. 上海海洋大学, 2020(03)
- [5]两种石磺背部皮肤蛋白质组及细胞凋亡相关基因表达差异分析[D]. 史艳梅. 上海海洋大学, 2018(05)
- [6]瘤背石磺产卵规律与天文潮汐关系[J]. 刘杰,黄金田. 上海海洋大学学报, 2018(01)
- [7]石磺科贝类营养价值评价、重金属净化及呼吸机制的初步研究[D]. 管菊. 上海海洋大学, 2014(03)
- [8]平疣桑椹石磺生殖系统研究及其与里氏拟石磺的胚胎发育比较[D]. 钱静. 上海海洋大学, 2014(03)
- [9]石磺营养价值、活性物质的研究现状及开发前景[J]. 孙变娜,沈和定,吴洪喜,刘宸. 江苏农业科学, 2013(08)
- [10]瘤背石磺对9种常规饲料原料中营养物质的表观消化率[J]. 沈永龙,黄金田,戈贤平,王爱民,吕富,刘成. 上海海洋大学学报, 2013(01)