包括附录摘要的 参考文献目录不包括
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有的学校只要求查正文部分，有的学校则要求查论文通篇，我建议你去看看汉斯出版社gzh上的关于论文查重的文章吧
有的学校要求全文提交查重，有的只要求提交正文部分查重，具体还是要看学校要求。
建议在前中期使用papertime论文查重把附录添加进去检测下，看整体的重复率是多少，心里也有个底。
附录是否查重当然要看学校要求，需要明确知道学校定稿查重的具体范围。学校要求查，那附录的重复部分也要进行修改降重，学校没有规定附录查重，那在提交检测的时候，附录则不用提交。
看学校要求吧，有的学校中英文摘要、参考文献、致谢、目录等式不进行查重检测的。所以应该看学校的要求，如果没有特别说明的，估计是都要进行查重了吧，有什么关于论文查重的问题还可以到上学吧论文查重上看看，上面介绍的比较详细。
做标记的地方应该就不算了吧。
首先可以明确清楚的是，硕士论文的正文是必查部分，除此之外，硕士论文内容的查重范围还包括有论文封面、声明、摘要、致谢、参考文献和论文附录等，如果将论文的开题报告也上传了的话，也是会进行重复率检测的。
对于硕士论文来说，检测硕士论文重复率最准确的论文查重系统是知网VIP论文查重系统，知网的数据库比对查重范围由以下数据库构成：中国学术期刊网络出版总库、中国博士学位论文全文数据库/中国优秀硕士学位论文全文数据库、中国重要会议论文全文数据库、中国重要报纸全文数据库、中国专利全文数据库、学术论文联合比对库、互联网资源、英文数据库、港澳台学术文献库、优先出版文献库、图书资源、个人比对库和学术论文联合比对库等。
参考文献应该不算，因为提供的参考文献主要用于确定正文中重复的地方是否属于引用。
论文查重查的是文章的摘要，正文以及引用部分，并将这些数据与知网现存的数据进行对比的出重复率。系统不会查重论文中的图片信息，因为无法进行对比。论文查重可以帮助撰写者知晓论文引用论证的资料在文章中所占据的比例，规避一些引用不当造成论文极度相似的问题，查重软件可在大数据的支撑下快速的检测出论文重复率，并指出引用的文献，提高论文的原创程度。
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